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- PDB-1sj2: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis catalase-peroxidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sj2
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis catalase-peroxidase
要素Peroxidase/catalase T
キーワードOXIDOREDUCTASE / HOMODIMER
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on a heme group of donors, nitrogenous group as acceptor / Tolerance of reactive oxygen produced by macrophages / catalase-peroxidase / cell wall / NADH binding / catalase activity / NADPH binding / positive regulation of DNA repair / peptidoglycan-based cell wall / hydrogen peroxide catabolic process ...oxidoreductase activity, acting on a heme group of donors, nitrogenous group as acceptor / Tolerance of reactive oxygen produced by macrophages / catalase-peroxidase / cell wall / NADH binding / catalase activity / NADPH binding / positive regulation of DNA repair / peptidoglycan-based cell wall / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / cellular response to hydrogen peroxide / response to oxidative stress / response to antibiotic / heme binding / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catalase-peroxidase haem / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase ...Catalase-peroxidase haem / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Peroxidase; domain 1 / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Catalase-peroxidase / Catalase-peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Bertrand, T. / Eady, N.A.J. / Jones, J.N. / Bodiguel, J. / Jesmin / Nagy, J.M. / Raven, E.L. / Jamart-Gregoire, B. / Brown, K.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of Mycobacterium tuberculosis Catalase-Peroxidase.
著者: Bertrand, T. / Eady, N.A.J. / Jones, J.N. / Jesmin / Nagy, J.M. / Jamart-Gregoire, B. / Raven, E.L. / Brown, K.A.
履歴
登録2004年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxidase/catalase T
B: Peroxidase/catalase T
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,91210
ポリマ－162,1262
非ポリマー1,7868
水12,665703
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13370 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area49850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.330, 150.330, 154.281
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
詳細The asymmetric unit contains two molecules but to actually regenerate the biological dimer one should apply the following transformation : -Y, -X, -Z

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要素

#1: タンパク質 Peroxidase/catalase T / Catalase-peroxidase T


分子量: 81063.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: KATG, RV1908C, MT1959, MTCY180.10 / プラスミド: pTrc99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): UM255 / 参照: UniProt: Q08129, UniProt: P9WIE5*PLUS, catalase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 703 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG 3350, Sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月11日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→23.71 Å / Num. all: 68475 / Num. obs: 61822 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / Biso Wilson estimate: 16.7 Å2 / Limit h max: 62 / Limit h min: 4 / Limit k max: 44 / Limit k min: 4 / Limit l max: 60 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 3938787.78 / Observed criterion F min: 21.7 / Rsym value: 0.159 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.41→2.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 6028 / Rsym value: 0.391 / % possible all: 89.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MWV

1mwv
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.41→23.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 6260 10.1 %RANDOM
Rwork0.211 ---
all-68475 --
obs-61822 90.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 41.3955 Å2 / ksol: 0.36149 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 89.42 Å2 / Biso mean: 38.34 Å2 / Biso min: 14.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.35 Å20 Å20 Å2
2---19.35 Å20 Å2
3---38.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.6 Å0.54 Å
Luzzati d res high-2.41
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→23.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11058 0 122 703 11883
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg22.1
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg1.3
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.41-2.520.3967159.60.3767120.0158449742787.9
2.52-2.650.357782100.31570610.0138457784392.7
2.65-2.820.32978810.10.27170480.0128476783692.4
2.82-3.040.31381110.40.24469940.0118495780591.9
3.04-3.340.28580410.30.20969940.018502779891.7
3.34-3.820.25983310.70.19369450.0098562777890.8
3.82-4.810.2127539.80.14869270.0088662768088.7
4.81-23.710.21377410.10.17268810.0088949765585.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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