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- PDB-1sii: AGAO in covalent complex with the inhibitor NOBA ("4-(2-naphthylo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sii
タイトルAGAO in covalent complex with the inhibitor NOBA ("4-(2-naphthyloxy)-2-butyn-1-amine")
要素Phenylethylamine oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / CAO / CuAO / COPPER-CONTAINING / AMINE OXIDASE / TPQ / QUINONE / TRIHYDROXYPHENYLALANINE QUINONE / NOBA / 4-(2-naphthyloxy)-2-butyn-1-amine / 4-(aryloxy)-2-butynamine / suicide inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


aliphatic amine oxidase activity / primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
: / AGAO-like N2 domain / Copper amine oxidase, N3 domain / Copper amine oxidase, catalytic domain / : / Copper amine oxidase copper-binding site signature. / : / Copper amine oxidase topaquinone signature. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #40 / Copper amine oxidase ...: / AGAO-like N2 domain / Copper amine oxidase, N3 domain / Copper amine oxidase, catalytic domain / : / Copper amine oxidase copper-binding site signature. / : / Copper amine oxidase topaquinone signature. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #40 / Copper amine oxidase / Copper amine oxidase, catalytic domain / Copper amine oxidase, N-terminal / Copper amine oxidase, catalytic domain superfamily / Copper amine oxidase, enzyme domain / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Distorted Sandwich / Roll / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Phenylethylamine oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrobacter globiformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Guss, J.M. / Langley, D.B. / Duff, A.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Differential Inhibition of Six Copper Amine Oxidases by a Family of 4-(Aryloxy)-2-butynamines: Evidence for a New Mode of Inactivation.
著者: O'Connell, K.M. / Langley, D.B. / Shepard, E.M. / Duff, A.P. / Jeon, H.B. / Sun, G. / Freeman, H.C. / Guss, J.M. / Sayre, L.M. / Dooley, D.M.
履歴
登録2004年2月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年8月10日Group: Atomic model / Database references / Other
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylethylamine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3426
ポリマ－71,9751
非ポリマー3675
水8,917495
1
A: Phenylethylamine oxidase
ヘテロ分子

A: Phenylethylamine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,68412
ポリマ－143,9502
非ポリマー73410
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area15280 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area40750 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)158.060, 62.619, 91.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.11, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The asymmetric unit contains half of one biological unit. Crystallographic symmetry is required to generate the other half of the dimer.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Phenylethylamine oxidase / Amine oxidase


分子量: 71975.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Arthrobacter globiformis copper amine oxidase (AGAO) with modified amino acid 382 TPQ - 4-(2-naphthyloxy)-2-butyn-1-amine moiety
由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア)
遺伝子: ATCC8010, IFO12137 / プラスミド: PAGAO2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P46881, EC: 1.4.3.6

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非ポリマー , 5種, 500分子

#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 495 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 4 microlitres of (AGAO 10 mg/ml, 50mM HEPES pH 7.0, 5-fold molar excess of NOBA, incubated at RT for four hours) plus 4 microlitres of the reservoir solution (1.5M (NH4)2SO4, 260micromolar ...詳細: 4 microlitres of (AGAO 10 mg/ml, 50mM HEPES pH 7.0, 5-fold molar excess of NOBA, incubated at RT for four hours) plus 4 microlitres of the reservoir solution (1.5M (NH4)2SO4, 260micromolar CuSO4, 100mM MES pH 6.5). Crystals cryoprotected by gradual, successive transfers over 2 hours, finally to a solution of 1.5M (NH4)2SO4, 100mM MES pH 6.5, 2.5mM EGTA, 30% glycerol., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→19.88 Å / Num. all: 85823 / Num. obs: 85823 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 76.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MAR345データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→19.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.82 / SU ML: 0.058 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: overall anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18275 4333 5 %RANDOM
Rwork0.15727 ---
obs0.15858 81489 93.37 %-
all-85822 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.482 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.88 Å20 Å20.22 Å2
2--2.11 Å20 Å2
3----1.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4884 0 19 495 5398
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0215053
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024539
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3451.9476884
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.796310501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3665619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2749
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025712
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021097
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.2839
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.250.25438
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.23063
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.2388
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0180.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1610.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3060.2198
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1420.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1423087
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.45935001
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.3441966
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.47161883
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.742 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.29 323
Rwork0.241 5635
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.45930.32620.27340.28240.0188-0.12950.0814-0.1313-0.0139-0.0307-0.0716-0.0716-0.02310.1358-0.00970.0185-0.0483-0.00450.138-0.00320.080422.28434.698443.2182
20.26780.0464-0.2118-0.0356-0.19520.69960.00180.08050.0116-0.02490.0139-0.00190.03390.1631-0.01570.08210.0180.00950.0894-0.00150.04279.0076-2.795214.2145
3-0.8017-0.1262-0.68630.6259-0.698-0.46550.13880.08380.1418-0.04360.0673-0.0348-0.12020.1775-0.20610.07380.00860.02290.07520.01060.0835-15.532321.311728.9919
40.3093-0.0119-0.22150.0286-0.05070.44810.016-0.04960.0318-0.004-0.0060.00010.01690.1062-0.00990.065-0.0048-0.01150.0389-0.00610.0695-5.0779-0.447145.3268
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA9 - 997 - 97
2X-RAY DIFFRACTION2AA100 - 20398 - 201
3X-RAY DIFFRACTION3AA204 - 229202 - 227
4X-RAY DIFFRACTION4AA230 - 628228 - 626

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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