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- PDB-1ses: CRYSTAL STRUCTURES AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION OF SERYL-TRNA SYNT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ses
タイトルCRYSTAL STRUCTURES AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION OF SERYL-TRNA SYNTHETASE COMPLEXED WITH TWO DIFFERENT ANALOGUES OF SERYL-ADENYLATE
要素SERYL-tRNA SYNTHETASE
キーワードLIGASE / SYNTHETASE
機能・相同性
機能・相同性情報


selenocysteine biosynthetic process / serine-tRNA ligase / serine-tRNA ligase activity / seryl-tRNA aminoacylation / serine binding / tRNA binding / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine-tRNA synthetase, tRNA binding domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal / Seryl-tRNA synthetase N-terminal domain / Serine-tRNA ligase, type1 / Serine-tRNA ligase catalytic core domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal domain superfamily / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 ...Serine-tRNA synthetase, tRNA binding domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal / Seryl-tRNA synthetase N-terminal domain / Serine-tRNA ligase, type1 / Serine-tRNA ligase catalytic core domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal domain superfamily / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Helix Hairpins / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SERYL-HYDROXAMATE-ADENOSINE MONOPHOSPHATE / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Serine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Cusack, S. / Belrhali, H.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1994
タイトル: Crystal structures at 2.5 angstrom resolution of seryl-tRNA synthetase complexed with two analogs of seryl adenylate.
著者: Belrhali, H. / Yaremchuk, A. / Tukalo, M. / Larsen, K. / Berthet-Colominas, C. / Leberman, R. / Beijer, B. / Sproat, B. / Als-Nielsen, J. / Grubel, G. / Legrand, J.-F. / Lehmann, M. / Cusack, S.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1994
タイトル: The 2.9 Angstroms Crystal Structure of T. Thermophilus Seryl-tRNA Synthetase Complexed with tRNA-Ser
著者: Biou, V. / Yaremchuk, A. / Tukalo, M. / Cusack, S.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Refined Crystal Structure of the Seryl-tRNA Synthetase from Thermus Thermophilus at 2.5 Angstroms Resolution
著者: Fujinaga, M. / Berthet-Colominas, C. / Yaremchuk, A.D. / Tukalo, M.A. / Cusack, S.
#3: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1993
タイトル: Crystallization of the Seryl-tRNA Synthetase: TRNA-Ser Complex of Escherichia Coli
著者: Price, S. / Cusack, S. / Borel, F. / Berthet-Colominas, C. / Leberman, R.
#4: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1992
タイトル: A New Crystal Form of the Complex between Seryl-tRNA Synthetase and tRNA-Ser from Thermus Thermophilus that Diffracts to 2.8 Angstroms Resolution
著者: Yaremchuk, A.D. / Tukalo, M.A. / Krikliviy, I. / Malchenko, N. / Biou, V. / Berthet-Colominas, C. / Cusack, S.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Crystallization of the Seryl-tRNA Synthetase-tRNA-Ser Complex from Thermus Thermophilus
著者: Yaremchuk, A.D. / Tukalo, M.A. / Krikliviy, I. / Mel'Nik, V.N. / Berthet-Colominas, C. / Cusack, S. / Leberman, R.
#6: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1991
タイトル: Sequence, Structural and Evolutionary Relationships between Class 2 Aminoacyl-tRNA Synthetases
著者: Cusack, S. / Hartlein, M. / Leberman, R.
#7: ジャーナル: Nature / 年: 1990
タイトル: Seryl-tRNA Synthetase from Escherichia Coli at 2.5 Angstroms Resolution: A Second Class of Synthetase Structure
著者: Cusack, S. / Berthet-Colominas, C. / Hartlein, M. / Nassar, N. / Leberman, R.
#8: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Crystals of Seryl-tRNA Synthetase from Thermus Thermophilus. Preliminary Crystallographic Data
著者: Garber, M.B. / Yaremchuk, A.D. / Tukalo, M.A. / Egorova, S.P. / Berthet-Colominas, C. / Leberman, R.
履歴
登録1994年2月21日処理サイト: BNL
改定 1.01994年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年2月29日Group: Database references
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERYL-tRNA SYNTHETASE
B: SERYL-tRNA SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,5544
ポリマ－95,7582
非ポリマー7972
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5870 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area34320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.100, 125.200, 62.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: VAL A 58 - PRO A 59 OMEGA = 210.31 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
2: CIS PROLINE - PRO A 206 / 3: CIS PROLINE - PRO A 245 / 4: CIS PROLINE - PRO A 385 / 5: CIS PROLINE - PRO B 206 / 6: CIS PROLINE - PRO B 245 / 7: CIS PROLINE - PRO B 385
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.66099, -0.48996, 0.56836), (-0.49177, -0.85493, -0.16507), (0.56679, -0.17039, -0.80605)
ベクター: -14.19824, 31.00661, 68.28316)
詳細THE NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATION TO GO FROM MONOMER 1 TO MONOMER 2 IS GIVEN ON *MTRIX* RECORDS BELOW. IT WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN B WHEN APPLIED TO CHAIN A. IT IS BASED ON SIMULTANEOUS SUPERPOSITION OF THE C-ALPHAS OF RESIDUES 100 - 258 AND 270 - 419.

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要素

#1: タンパク質 SERYL-tRNA SYNTHETASE


分子量: 47878.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
参照: UniProt: P34945, serine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-AHX / SERYL-HYDROXAMATE-ADENOSINE MONOPHOSPHATE


分子量: 449.313 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H20N7O9P
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE IS REPORTED IN REFERENCE 2.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.55 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
220 %satammonium sulfate1drop
350 mMMES1drop
45 mMdithiothreitol1drop
510 mM1dropMgCl2
61 mM1dropNaN3
71 %(v/v)MPD1drop
830-35 %satammonium sulfate1reservoir
98 %MPD1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 36920 / % possible obs: 87 % / Num. measured all: 170878 / Rmerge(I) obs: 0.066

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.5→20 Å / σ(F): 2
詳細: RESIDUES WITH NO ELECTRON DENSITY OR B GREATER THAN 90 HAVE OCCUPANCY 0.0.
Rfactor反射数
Rwork0.176 -
obs0.176 36920
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6746 0 53 130 6929
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.176 / Rfactor Rwork: 0.176
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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