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万見
- PDB-1se7: Solution structure of the E. coli bacteriophage P1 encoded HOT pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1se7
タイトルSolution structure of the E. coli bacteriophage P1 encoded HOT protein: a homologue of the theta subunit of E. coli DNA polymerase III
要素HOMOLOGUE OF THE THETA SUBUNIT OF DNA POLYMERASE III
キーワードTRANSFERASE / E. COLI BACTERIOPHAGE P1 / HOMOLOGUE OF THETA / HOT / E. COLI DNA POLYMERASE III
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase III-theta / DNA polymerase III-theta, bacterial / DNA polymerase III-theta superfamily / DNA polymerase III, theta subunit / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Enterobacteria phage P1 (ファージ)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
データ登録者DeRose, E.F. / Kirby, T.W. / Mueller, G.A. / Chikova, A.K. / Schaaper, R.M. / London, R.E.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Phage Like It HOT: Solution Structure of the Bacteriophage P1-Encoded HOT Protein, a Homolog of the theta Subunit of E. coli DNA Polymerase III
著者: Derose, E.F. / Kirby, T.W. / Mueller, G.A. / Chikova, A.K. / Schaaper, R.M. / London, R.E.
履歴
登録2004年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HOMOLOGUE OF THE THETA SUBUNIT OF DNA POLYMERASE III


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7101
ポリマ－9,7101
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)7 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 HOMOLOGUE OF THE THETA SUBUNIT OF DNA POLYMERASE III / HOT


分子量: 9709.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage P1 (ファージ)
属: P1-like viruses / 遺伝子: HOT / プラスミド: pET30HOT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR(DE3) / 参照: UniProt: Q71T70

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細内容: 1.3mM U-[13C,15N] protein, 5mM Tris, 100mM NaCl, 5mM NaN3
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 100mM NaCl / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン分類
NMRPipe2.1 Rev 2002.044.17.08解析
NMRView5.0.4データ解析
ARIA1.2構造決定
CNS1.1構造決定
CNS1.1精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: The structures were computed using default ARIA parameters, with qrelax set to false. 430 manually assigned NOE distance restraints were included, and qshift and qexclude were set to false ...詳細: The structures were computed using default ARIA parameters, with qrelax set to false. 430 manually assigned NOE distance restraints were included, and qshift and qexclude were set to false for the manually assigned NOEs. ARIA assigned 1140 unambiguous and 435 ambiguous NOE distance restraints. 51 dihedral restraints, 46 hydrogen bond restraints, and 36 backbone amide residual dipolar couplings were also used in the calculation.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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