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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sdb | ||||||
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タイトル | PORCINE DESB1-2 DESPENTAPEPTIDE(B26-B30) INSULIN | ||||||
要素 | (DESB1-2 DESPENTAPEPTIDE (B26-B30) INSULIN) x 2 | ||||||
キーワード | HORMONE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Insulin processing / IRS activation / Signal attenuation / Insulin receptor signalling cascade / Signaling by Insulin receptor / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Insulin receptor recycling / glycoprotein biosynthetic process / response to L-arginine ...Insulin processing / IRS activation / Signal attenuation / Insulin receptor signalling cascade / Signaling by Insulin receptor / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Insulin receptor recycling / glycoprotein biosynthetic process / response to L-arginine / positive regulation of lipoprotein lipase activity / lactate biosynthetic process / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation of glucose metabolic process / lipoprotein biosynthetic process / COPI-mediated anterograde transport / lipid biosynthetic process / positive regulation of DNA replication / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of protein autophosphorylation / insulin-like growth factor receptor binding / positive regulation of protein secretion / hormone activity / glucose metabolic process / glucose homeostasis / insulin receptor signaling pathway / positive regulation of cell migration / extracellular space / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Liang, D.-C. / Diao, J.-S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1997 タイトル: Structure of monomeric porcine DesB1-B2 despentapeptide (B26-B30) insulin at 1.65 A resolution. 著者: Diao, J.S. / Wan, Z.L. / Chang, W.R. / Liang, D.C. #1: ジャーナル: Sci.Sin.(Engl.Ed.) / 年: 1987 タイトル: Refinement of the Structure of Despentapeptide (B26-B30) Insulin at 1.5A Resolution 著者: Dai, J.B. / Lou, M.Z. / You, J.M. / Liang, D.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sdb.cif.gz | 18.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1sdb.ent.gz | 11.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sdb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/1sdb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/1sdb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2383.698 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P01315 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2595.972 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P01315 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 32 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 8.4 / 手法: unknown | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年6月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→27.3 Å / Num. obs: 3829 / % possible obs: 87.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.0272 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.65→10 Å / σ(F): 2 詳細: THE ELECTRON DENSITY FOR THE DESB1-2 DESPENTAPEPTIDE (B 26 - B 30) INSULIN IS ALMOST COMPLETELY DEFINED WHILE DENSITY FOR THE SIDE CHAIN OF RESIDUE ASN B 3 IS WEAK.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20.04 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: GPRLSA / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.197 / Rfactor Rfree: 0.2203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |