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- PDB-1sd6: Crystal Structure of Native MecI at 2.65 A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sd6
タイトルCrystal Structure of Native MecI at 2.65 A
要素Methicillin resistance regulatory protein mecI
キーワードDNA BINDING PROTEIN / BlaI / MecI / repressor / methicillin / B-lactam
機能・相同性
機能・相同性情報


response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Penicillinase repressor fold / Penicillinase repressor domain / BlaI transcriptional regulatory family / Penicillinase repressor / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Methicillin resistance regulatory protein MecI
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Safo, M.K. / Zhao, Q. / Musayev, F.N. / Robinson, H. / Scarsdale, N. / Archer, G.L.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2005
タイトル: Crystal structures of the BlaI repressor from Staphylococcus aureus and its complex with DNA: insights into transcriptional regulation of the bla and mec operons
著者: Safo, M.K. / Zhao, Q. / Ko, T.-P. / Musayev, F.N. / Robinson, H. / Scarsdale, N. / Wang, A.H.-J. / Archer, G.L.
履歴
登録2004年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methicillin resistance regulatory protein mecI
B: Methicillin resistance regulatory protein mecI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6522
ポリマ－29,6522
非ポリマー00
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3740 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area14090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.711, 72.748, 73.595
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The asymmetric unit contains the biological homodimer

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要素

#1: タンパク質 Methicillin resistance regulatory protein mecI / MECI


分子量: 14826.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: MECI, SA0040 / プラスミド: pET3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: P68262
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.23 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8000, Sodium Cacodylate, Magnesium acetate , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mMpotassium phosphate1reservoirpH7.6
2200 mM1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年3月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: MSC Confocal Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→36.48 Å / Num. all: 9536 / Num. obs: 9418 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 35.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.65→2.78 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 1180 / % possible all: 88.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
bioteXデータ削減
bioteXデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.65→32.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 91660.17 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 439 4.7 %RANDOM
Rwork0.207 ---
all0.216 9536 --
obs0.207 9347 90 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.1141 Å2 / ksol: 0.311292 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 71.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.14 Å20 Å20 Å2
2--1.65 Å20 Å2
3----5.79 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.59 Å0.55 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→32.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2010 0 0 59 2069
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.044 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 77 5.4 %
Rwork0.348 1353 -
obs-1430 85 %
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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