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- PDB-1sb0: Solution structure of the KIX domain of CBP bound to the transact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sb0
タイトルSolution structure of the KIX domain of CBP bound to the transactivation domain of c-Myb
要素
  • protein CBP
  • protein c-Myb
キーワードTRANSCRIPTION / CREB-binding protein / transcriptional activation / constitutive activation / LXXLL motif / Myb / KIX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of testosterone secretion / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / myeloid cell development / TRAF6 mediated IRF7 activation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / positive regulation of hepatic stellate cell proliferation / Attenuation phase / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production ...positive regulation of testosterone secretion / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / myeloid cell development / TRAF6 mediated IRF7 activation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / positive regulation of hepatic stellate cell proliferation / Attenuation phase / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / cAMP response element binding protein binding / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / RUNX3 regulates NOTCH signaling / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Notch-HLH transcription pathway / positive regulation of hepatic stellate cell activation / positive regulation of cell adhesion molecule production / germ-line stem cell population maintenance / positive regulation of transforming growth factor beta production / negative regulation of viral process / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Cytoprotection by HMOX1 / embryonic digestive tract development / stem cell division / CD209 (DC-SIGN) signaling / Estrogen-dependent gene expression / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / outer kinetochore / negative regulation of interferon-beta production / myeloid cell differentiation / histone H3K18 acetyltransferase activity / cellular response to interleukin-6 / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / MRF binding / peroxisome proliferator activated receptor binding / face morphogenesis / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / WD40-repeat domain binding / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / positive regulation of dendritic spine development / acetyltransferase activity / SMAD binding / behavioral response to cocaine / TFIIB-class transcription factor binding / homeostasis of number of cells / histone acetyltransferase complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of collagen biosynthetic process / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / long-term memory / histone acetyltransferase activity / spleen development / histone acetyltransferase / positive regulation of glial cell proliferation / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / B cell differentiation / thymus development / cellular response to leukemia inhibitory factor / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / protein destabilization / protein modification process / PML body / chromatin DNA binding / cellular response to virus / transcription coactivator binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to UV / calcium ion transport / disordered domain specific binding / rhythmic process / mitotic cell cycle / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / damaged DNA binding / molecular adaptor activity / transcription coactivator activity / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Coactivator CBP, KIX domain / Transcription regulator Wos2-domain / LMSTEN motif / C-myb, C-terminal / C-myb, C-terminal / : / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type ...Coactivator CBP, KIX domain / Transcription regulator Wos2-domain / LMSTEN motif / C-myb, C-terminal / C-myb, C-terminal / : / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Myb domain / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Homeobox-like domain superfamily / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional activator Myb / Histone lysine acetyltransferase CREBBP
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / initial structures from DYANA, refined in AMBER
データ登録者Zor, T. / De Guzman, R.N. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Solution Structure of the KIX Domain of CBP Bound to the Transactivation Domain of c-Myb
著者: Zor, T. / De Guzman, R.N. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
履歴
登録2004年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: protein CBP
B: protein c-Myb


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3012
ポリマ－13,3012
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 protein CBP / CREB-binding protein


分子量: 10353.856 Da / 分子数: 1 / 断片: KIX domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: CBP / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) DNAY / 参照: UniProt: P45481
#2: タンパク質・ペプチド protein c-Myb / Myb proto-oncogene protein


分子量: 2947.469 Da / 分子数: 1 / 断片: transcriptional activation domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: c-Myb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) DNAY / 参照: UniProt: P06876

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
1313D 13C-separated NOESY
1413D 15N-separated NOESY

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試料調製

詳細内容: 20 mM Tris d11 acetate d4; 50 mM NaCl; 2 mM NaN3; pH 5.5
溶媒系: 90% H20; 10% D2O
試料状態イオン強度: 50 mM / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 27 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.5Peter Guntert構造決定
Amber7David Case et al.精密化
NMRPipeDelaglio, F. et al.解析
NMRView4.3.1Johnson, B.データ解析
精密化手法: initial structures from DYANA, refined in AMBER / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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