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- PDB-1saw: X-ray structure of homo sapiens protein FLJ36880 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1saw
タイトルX-ray structure of homo sapiens protein FLJ36880
要素hypothetical protein FLJ36880仮説
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / Fumarylacetoacetatehydrolase family
機能・相同性
機能・相同性情報


アシルピルビン酸ヒドロラーゼ / fumarylpyruvate hydrolase activity / acylpyruvate hydrolase activity / acetylpyruvate hydrolase activity / オキサロ酢酸デカルボキシラーゼ / oxaloacetate decarboxylase activity / Citric acid cycle (TCA cycle) / pyruvate metabolic process / ミトコンドリアマトリックス / ミトコンドリア ...アシルピルビン酸ヒドロラーゼ / fumarylpyruvate hydrolase activity / acylpyruvate hydrolase activity / acetylpyruvate hydrolase activity / オキサロ酢酸デカルボキシラーゼ / oxaloacetate decarboxylase activity / Citric acid cycle (TCA cycle) / pyruvate metabolic process / ミトコンドリアマトリックス / ミトコンドリア / 核質 / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Fumarylacetoacetate hydrolase; domain 2 / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain superfamily / Fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase family / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Oxaloacetate decarboxylase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Manjasetty, B.A. / Niesen, F.H. / Delbrueck, H. / Goetz, F. / Sievert, V. / Buessow, K. / Behlke, J. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: X-ray structure of fumarylacetoacetate hydrolase family member Homo sapiens FLJ36880.
著者: Manjasetty, B.A. / Niesen, F.H. / Delbruck, H. / Gotz, F. / Sievert, V. / Bussow, K. / Behlke, J. / Heinemann, U.
履歴
登録2004年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein FLJ36880
B: hypothetical protein FLJ36880
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8846
ポリマ－49,7762
非ポリマー1084
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area15940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.792, 77.239, 114.195
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a homodimer generated from the dimer in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein FLJ36880 / 仮説


分子量: 24887.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DKFZP566J2046 / プラスミド: PSFEP250B074 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SCS1 / 参照: UniProt: Q6P587
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG4000, Magnesium chloride, Na HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9083 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年9月19日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI111-DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9083 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 21466 / Num. obs: 21327 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.329 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 922 / Rsym value: 0.329 / % possible all: 60.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4(MOLREP)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SWISS MODEL (PDB ENTRIES 1NR9 and 1GTT)

1nr9

1gtt


解像度: 2.2→19.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 7.13 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.313 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23876 1085 5.1 %RANDOM
Rwork0.20374 ---
obs-20279 91.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.745 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.21 Å20 Å20 Å2
2---3.97 Å20 Å2
3----4.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3106 0 4 128 3238
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223184
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022924
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1571.9714337
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.74636818
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6755410
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2495
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023498
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02582
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1830.2637
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2220.23320
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.21802
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1290.2124
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0310.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1950.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2380.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1290.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3781.52065
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.69623327
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.90331119
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5664.51010
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.27 56
Rwork0.295 997

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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