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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1s9l | ||||||||||||||||||
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タイトル | NMR Solution Structure of a Parallel LNA Quadruplex | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-((TLN)P*![]() RNA / LNA / QUADRUPLEX | 機能・相同性 | RNA | ![]() 手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ![]() Randazzo, A. / Esposito, V. / Ohlenschlager, O. / Ramachandran, R. / Mayola, L. | ![]() ![]() タイトル: NMR solution structure of a parallel LNA quadruplex. 著者: Randazzo, A. / Esposito, V. / Ohlenschlager, O. / Ramachandran, R. / Mayola, L. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 263.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 228.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 1691.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence contains all LNA residues |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques |
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試料調製
詳細 |
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試料状態 | pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 300 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | ||||||||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 詳細: 292 (73 per strand) NOE-derived distance constraints, 48 hydrogen bonds constraints, 36 (9 per strand) dihedral angle restraints. The 20 structures with the lowest CYANA target functions were ...詳細: 292 (73 per strand) NOE-derived distance constraints, 48 hydrogen bonds constraints, 36 (9 per strand) dihedral angle restraints. The 20 structures with the lowest CYANA target functions were subjected energy minimization (with no angle constraints) using the conjugate gradient method and the CVFF force field | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |