PDB-1s8k: Solution Structure of BmKK4, A Novel Potassium Channel Blocker fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1s8k

タイトル

Solution Structure of BmKK4, A Novel Potassium Channel Blocker from Scorpion Buthus martensii Karsch, 25 structures

要素

Toxin BmKK4

キーワード

TOXIN / ALPHA/BETA scaffold

機能・相同性

potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Potassium channel toxin alpha-KTx 17.1

機能・相同性情報

生物種

Mesobuthus martensii (サソリ)

手法

溶液NMR / distance geometry

データ登録者

Zhang, N. / Chen, X. / Li, M. / Cao, C. / Wang, Y. / Hu, G. / Wu, H.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Solution structure of BmKK4, the first member of subfamily alpha-KTx 17 of scorpion toxins
著者: Zhang, N. / Chen, X. / Li, M. / Cao, C. / Wang, Y. / Wu, G. / Hu, G. / Wu, H.

履歴

登録	2004年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence カテゴリ: database_2 / entity_poly ...database_2 / entity_poly / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.1	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1s8k.cif.gz	206 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1s8k.ent.gz	170.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1s8k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s8/1s8k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s8/1s8k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1acw 1du9 1pnh 1scy
類似構造データ	2juy-d 5x38-d 5x3c-d 1edw-d 5x36-d 5ji4-d 2ncv-d 1qfd-d 3bbg-d 5x39-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Toxin BmKK4

3.47 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	25 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Toxin BmKK4 / Kk4 / Toxin TXKs4 / Alpha-KTx 17.1 分子量: 3467.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mesobuthus martensii (サソリ) / 参照: UniProt: Q95NJ8
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY, 2D TOCSY, DQF-COSY
2	2	1	2D TOCSY, 2D NOESY
2	3	2	2D NOESY, 2D TOCSY, DQF-COSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	3.0mM	90% H2O/10% D2O
2	3.0mM	100% D2O

試料状態

Conditions-ID	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	3.02	ambient	303 K
2	3.66	ambient	303 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1B	Mike Carlisle,Dan Steele,Mike Miller	collection
VNMR	6.1B	Mike Carlisle,Dan Steele,Mike Miller	解析
XEASY	1994	Tai-he Xia and Christian Bartel	データ解析
DYANA	1.5	Peter Guntert, Christian Mumenthaler, Torsten Herrmann	構造決定
Amber	5		精密化

精密化

手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 315 constraints, 282 are NOE-derived distance constraints,16 dihedral angle constraints, 17 distance constraints from four hydrogen bonds and three disulfide bonds.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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