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- PDB-1s7z: Structure of Ocr from Bacteriophage T7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s7z
タイトルStructure of Ocr from Bacteriophage T7
要素Gene 0.3 protein
キーワードGENE REGULATION / all helical
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated evasion of host restriction-modification system / symbiont-mediated suppression of host innate immune response
類似検索 - 分子機能
DNA mimic ocr / B-form DNA mimic Ocr / DNA mimic ocr / Protein Ocr / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Enterobacteria phage T7 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Walkinshaw, M.D. / Taylor, P. / Sturrock, S.S. / Atanasiu, C. / Berg, T. / Henderson, R.M. / Edwardson, J.M. / Dryden, D.T.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2002
タイトル: Structure of Ocr from Bacteriophage T7, a Protein that Mimics B-Form DNA
著者: Walkinshaw, M.D. / Taylor, P. / Sturrock, S.S. / Atanasiu, C. / Berg, T. / Henderson, R.M. / Edwardson, J.M. / Dryden, D.T.
履歴
登録2004年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gene 0.3 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4994
ポリマ－14,1001
非ポリマー3993
水2,126118
1
A: Gene 0.3 protein
ヘテロ分子

A: Gene 0.3 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9988
ポリマ－28,2012
非ポリマー7976
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556-x+1/2,y+1/2,-z+11
2
A: Gene 0.3 protein
ヘテロ分子

A: Gene 0.3 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9988
ポリマ－28,2012
非ポリマー7976
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-180 kcal/mol
Surface area13010 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)78.777, 37.665, 35.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.42, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The tight (sub nanomolar) dimer in solution is retained in the crystal by a crystallographic two-fold axis The interface is only 250 Angstroms squared for each monomer

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要素

#1: タンパク質 Gene 0.3 protein


分子量: 14100.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T7 (ファージ)
属: T7-like viruses / 遺伝子: 0.3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03775
#2: 化合物 ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン


分子量: 132.905 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 32%PEG-8000, 0.1M Tris-HCl, 0.2M caesium chloride, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sturrock, S.S., (2001) Acta Cryst., D57, 1652.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
132 %PEG80001reservoir
20.1 MTris-HCl1reservoirpH8.2
30.2 M1reservoirCsCl
42.8 %glycerol1reservoir
516 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.87 / 波長: 1.2, 0.9777,0.9793
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月1日 / 詳細: channel cut monochromator
放射モノクロメーター: Silicon / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.871
21.21
30.97771
40.97931
反射解像度: 1.83→38.9 Å / Num. all: 8923 / Num. obs: 8923 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.83→1.88 Å / Rmerge(I) obs: 0.096 / Mean I/σ(I) obs: 13.3 / Rsym value: 0.096 / % possible all: 98.5
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / % possible obs: 99.3 % / Num. measured all: 71916
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.5 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.83→38.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 4.209 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23947 495 5.5 %RANDOM
Rwork0.16975 ---
obs0.17349 8426 96.91 %-
all-8426 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.834 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å20 Å2-0.48 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→38.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数876 0 3 118 997
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0310.021893
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02762
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1951.9451213
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95831774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.5523105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.93615153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2132
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021012
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02175
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3150.3222
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2310.3722
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.220.550
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.4420.55
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3110.320
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2290.341
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.5030.520
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2981.5529
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4262854
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.63364
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.8954.5359
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.879 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.263 25
Rwork0.164 427
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.241 / Rfactor Rwork: 0.174
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg2.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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