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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1s7p | ||||||
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タイトル | Solution structure of thermolysin digested microcin J25 | ||||||
要素 | (microcin J25) x 2 | ||||||
キーワード | ANTIBIOTIC / thermolysin digested microcin J25 / t-Mccj25 / thermolysin digest / two-chain peptide / steric link / ANTIMICROBIAL PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / Microcin J25 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 溶液NMR / Structures were calculated using torsion angle dynamics in CNS, refined in explicit solvent. | ||||||
データ登録者 | Rosengren, K.J. / Blond, A. / Afonso, C. / Tabet, J.C. / Rebuffat, S. / Craik, D.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004 タイトル: Structure of thermolysin cleaved microcin J25: extreme stability of a two-chain antimicrobial peptide devoid of covalent links 著者: Rosengren, K.J. / Blond, A. / Afonso, C. / Tabet, J.C. / Rebuffat, S. / Craik, D.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1s7p.cif.gz | 106.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1s7p.ent.gz | 82.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1s7p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/1s7p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/1s7p | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1110.261 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 48-58 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 解説: DIGESTED WITH THERMOLYSIN; / 遺伝子: mcj25A / プラスミド: pTUC202 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC4100 / 参照: UniProt: Q9X2V7 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1034.102 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 38-47 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 解説: digested with thermolysin / 遺伝子: mcj25A / プラスミド: pTUC202 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC4100 / 参照: UniProt: Q9X2V7 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques. |
-試料調製
詳細 | 内容: 6mM t-MccJ25 / 溶媒系: 100% CD3OH |
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試料状態 | イオン強度: 0 / 圧: ambient / 温度: 295 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: Structures were calculated using torsion angle dynamics in CNS, refined in explicit solvent. ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |