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万見
- PDB-1s4w: NMR structure of the cytoplasmic domain of integrin AIIb in DPC m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s4w
タイトルNMR structure of the cytoplasmic domain of integrin AIIb in DPC micelles
要素Integrin alpha-IIb
キーワードCELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


integrin alphaIIb-beta3 complex / platelet alpha granule membrane / fibrinogen binding / extracellular matrix binding / integrin complex / positive regulation of leukocyte migration / cell adhesion mediated by integrin / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / ECM proteoglycans ...integrin alphaIIb-beta3 complex / platelet alpha granule membrane / fibrinogen binding / extracellular matrix binding / integrin complex / positive regulation of leukocyte migration / cell adhesion mediated by integrin / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / Integrin signaling / cell-matrix adhesion / Signal transduction by L1 / integrin-mediated signaling pathway / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / MAP2K and MAPK activation / cell-cell adhesion / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / integrin binding / Platelet degranulation / angiogenesis / blood microparticle / molecular adaptor activity / external side of plasma membrane / focal adhesion / cell surface / extracellular exosome / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 ...: / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin alpha-IIb
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / hybrid distance geometry, dynamic simulated annealing
データ登録者Vinogradova, O. / Vaynberg, J. / Kong, X. / Haas, T.A. / Plow, E.F. / Qin, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Membrane-mediated structural transitions at the cytoplasmic face during integrin activation.
著者: Vinogradova, O. / Vaynberg, J. / Kong, X. / Haas, T.A. / Plow, E.F. / Qin, J.
履歴
登録2004年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-IIb


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,3961
ポリマ－2,3961
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 99structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #2closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Integrin alpha-IIb / Platelet membrane glycoprotein IIb / GPalpha IIb / GPIIb / CD41 antigen


分子量: 2395.579 Da / 分子数: 1 / 断片: cytoplasmic domain (residues 1020-1039) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGA2B, ITGAB, GP2B / プラスミド: pET31b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P08514

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 2D NOESY

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試料調製

詳細内容: 300 mM dDPC, 95/5% H2O/D2O / 溶媒系: 95/5% H2O/D2O
試料状態pH: 6.3 / 温度: 313 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称分類
VNMRcollection
NMRPipe解析
PIPPデータ解析
X-PLOR構造決定
X-PLOR精密化
精密化手法: hybrid distance geometry, dynamic simulated annealing
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 99 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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