PDB-1s4h: NMR structure of cross-reactive peptides from L. braziliensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1s4h

タイトル

NMR structure of cross-reactive peptides from L. braziliensis

要素

60S acidic ribosomal protein P2

キーワード

RIBOSOME / Leishmania brazilienses / antigenic peptide / ribosomal p2 protein

機能・相同性

Trypanosoma cruzi ribosomal protein P2-like / Ribosomal protein P2 / Ribosomal protein L12/P1/P2 family / Ribosomal protein P1/P2, N-terminal domain / cytoplasmic translational elongation / 60s Acidic ribosomal protein / cytosolic large ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / Large ribosomal subunit protein P2

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Soares, M.R. / Bisch, P.M. / Campos de Carvalho, A.C. / Valente, A.P. / Almeida, F.C.L.

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2004
タイトル: Correlation between conformation and antibody binding: NMR structure of cross-reactive peptides from T. cruzi, human and L. braziliensis
著者: Soares, M.R. / Bisch, P.M. / Campos De Carvalho, A.C. / Valente, A.P. / Almeida, F.C.L.

履歴

登録	2004年1月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1s4h.cif.gz	55 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1s4h.ent.gz	37.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1s4h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/1s4h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/1s4h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1s4jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2z5m-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 60S acidic ribosomal protein P2

1.46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	60S acidic ribosomal protein P2 / Acidic ribosomal P2 beta protein / P2B-protein / Ribosomal P protein 分子量: 1460.477 Da / 分子数: 1 / 断片: a13 - C-terminal domain / 由来タイプ: 合成詳細: peptide obtained by solid phase synthesis. the sequence is naturally found in Leishmania braziliensis. 参照: UniProt: O44010

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細	内容: 2mM of peptide; 10% D2O; 10mM phosphate buffer at pH 5.5 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 10mM phosphate buffer / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 278 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	1
Bruker DRX	Bruker	DRX	400	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
NMRPipe	2.1	Delaglio	解析
NMRView	5.03	Bruce A. Johnson	データ解析
CNS	1.1	Brunger	構造決定
CNS	1.1	Brunger	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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