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- PDB-1s3e: Crystal structure of MAOB in complex with 6-hydroxy-N-propargyl-1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s3e
タイトルCrystal structure of MAOB in complex with 6-hydroxy-N-propargyl-1(R)-aminoindan
要素Amine oxidase [flavin-containing] B
キーワードOXIDOREDUCTASE / human monoamine oxidase / inhibitor binding / rasagiline / enantioselectivity / flavin
機能・相同性
機能・相同性情報


Biogenic amines are oxidatively deaminated to aldehydes by MAOA and MAOB / monoamine oxidase / monoamine oxidase activity / primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / dopamine catabolic process / mitochondrial envelope / hydrogen peroxide biosynthetic process / substantia nigra development / flavin adenine dinucleotide binding ...Biogenic amines are oxidatively deaminated to aldehydes by MAOA and MAOB / monoamine oxidase / monoamine oxidase activity / primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / dopamine catabolic process / mitochondrial envelope / hydrogen peroxide biosynthetic process / substantia nigra development / flavin adenine dinucleotide binding / mitochondrial outer membrane / electron transfer activity / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / : / Flavin amine oxidase / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain ...Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / : / Flavin amine oxidase / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / (3R)-3-(PROP-2-YNYLAMINO)INDAN-5-OL / Amine oxidase [flavin-containing] B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Binda, C. / Hubalek, F. / Li, M. / Herzig, Y. / Sterling, J. / Edmondson, D.E. / Mattevi, A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structures of Monoamine Oxidase B in Complex with Four Inhibitors of the N-Propargylaminoindan Class.
著者: Binda, C. / Li, M. / Herzig, Y. / Sterling, J. / Edmondson, D.E. / Mattevi, A.
履歴
登録2004年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amine oxidase [flavin-containing] B
B: Amine oxidase [flavin-containing] B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,6216
ポリマ－117,6752
非ポリマー1,9464
水14,250791
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8090 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area36790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.958, 224.065, 86.632
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B
71A
81B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNPHEPHEAA3 - 993 - 99
21ASNASNPHEPHEBB3 - 993 - 99
32ILEILEILEILEAA110 - 496110 - 496
42ILEILEILEILEBB110 - 496110 - 496
53FADFADFADFADAC600
63FADFADFADFADBE600
74RHPRHPRHPRHPAD601
84RHPRHPRHPRHPBF601
詳細The biological assembly is a homodimer that is all contained in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Amine oxidase [flavin-containing] B / Monoamine oxidase / MAO-B


分子量: 58837.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAOB / プラスミド: pPIC3.5K / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P27338, monoamine oxidase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-RHP / (3R)-3-(PROP-2-YNYLAMINO)INDAN-5-OL / 5-HYDROXY-N-PROPARGYL-1(R)-AMINOINDAN


分子量: 187.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H13NO
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 791 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.77 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG4000, lithium sulphate, ADA buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月3日
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 149238 / Num. obs: 149238 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.6→5.06 Å / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 1.619 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: During refinement a double conformation of C172 (both in chain A and in chain B) has been applied. In particular the SG atom of this cysteine adopts a double conformation, therefore in the ...詳細: During refinement a double conformation of C172 (both in chain A and in chain B) has been applied. In particular the SG atom of this cysteine adopts a double conformation, therefore in the pdb file it has been reported as SGA and SGB in each chain.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21632 3818 2.6 %RANDOM
Rwork0.19763 ---
all0.19811 149238 --
obs0.19811 149238 88.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.321 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4 Å20 Å20 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3----0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7913 0 134 791 8838
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0218249
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0781.97911213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2765991
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.21221
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026204
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1850.23839
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0910.2619
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3060.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2840.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4391.54942
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.90228006
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.56533307
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6374.53207
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3921 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.030.05
tight thermal0.150.5
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.316 161
Rwork0.277 6218

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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