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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1s0e | ||||||
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タイトル | Crystal structure of botulinum neurotoxin type B at pH 6.0 | ||||||
![]() | Botulinum neurotoxin type B | ||||||
![]() | Toxin / hydrolase / botulinum / neurotoxin / pH / metals | ||||||
機能・相同性 | ![]() Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane ...Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Eswaramoorthy, S. / Kumaran, D. / Keller, J. / Swaminathan, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Role of metals in the biological activity of Clostridium botulinum neurotoxins 著者: Eswaramoorthy, S. / Kumaran, D. / Keller, J. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 291.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 230.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 370.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 389.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 44.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 150833.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.77 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 6 詳細: PEG 4000, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 6.00 | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法詳細: Swaminathan, S., (2000) Acta Crystallogr., Sect.D, 56, 1024. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 118562 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.96 Å / Rmerge(I) obs: 0.308 / % possible all: 55.4 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Num. measured all: 368649 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 55.4 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1EPW 解像度: 1.9→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 2 % / Rfactor Rfree: 0.235 / Rfactor Rwork: 0.206 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |