PDB-1ry9: Spa15, a Type III Secretion Chaperone from Shigella flexneri

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ry9

タイトル

Spa15, a Type III Secretion Chaperone from Shigella flexneri

要素

Surface presentation of antigens protein spaK

キーワード

CHAPERONE / alpha/beta fold

機能・相同性

Surface presentation of antigens protein SpaK / Invasion protein B family / Yope Regulator; Chain: A, - #10 / Yope Regulator; Chain: A, / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Surface presentation of antigens protein SpaK

機能・相同性情報

生物種

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

van Eerde, A. / Hamiaux, C. / Perez, J. / Parsot, C. / Dijkstra, B.W.

引用

ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2004
タイトル: Structure of Spa15, a type III secretion chaperone from Shigella flexneri with broad specificity.
著者: van Eerde, A. / Hamiaux, C. / Perez, J. / Parsot, C. / Dijkstra, B.W.

履歴

登録	2003年12月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ry9.cif.gz	121.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ry9.ent.gz	95.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ry9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ry9_validation.pdf.gz	454.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ry9_full_validation.pdf.gz	460.4 KB	表示
XML形式データ	1ry9_validation.xml.gz	22.8 KB	表示
CIF形式データ	1ry9_validation.cif.gz	31.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/1ry9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/1ry9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3pf0-d 5a14-d 6d4k-d 1qn9-1 4zia-2 7be6-d 3b08-3 4xwj-d 3gs3-d 2xga-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Surface presentation of antigens protein spaK

B: Surface presentation of antigens protein spaK

C: Surface presentation of antigens protein spaK

D: Surface presentation of antigens protein spaK

ヘテロ分子

66.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Surface presentation of antigens protein spaK

B: Surface presentation of antigens protein spaK

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Surface presentation of antigens protein spaK

D: Surface presentation of antigens protein spaK

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.878, 87.682, 58.703
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.77, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Surface presentation of antigens protein spaK / Spa15 protein 分子量: 16531.850 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 遺伝子: SPAK, SPA15, CP0148 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: P35530
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.2 % 解説: The first crystal is a native one, all data collection and refinement statistics belongs to the native crystal.
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3 詳細: Ammonium Suplhate, ethylene glycol, Guanidium chloride, MES, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	ID14-2	1	0.9196
シンクロトロン	ESRF	BM30A	2	0.9794, 0.9795, 0.9760

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 4	1	CCD	2002年6月23日
MAR CCD 165 mm	2	CCD	2002年9月26日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9196	1
2	0.9794	1
3	0.9795	1
4	0.976	1

反射

解像度: 1.82→50 Å / Num. all: 45246 / Num. obs: 45246 / % possible obs: 97.4 %

反射シェル

解像度: 1.82→1.89 Å / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.27	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SnB		位相決定
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.82→43.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 2.872 / SU ML: 0.087 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21108	2292	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18117	-	-	-
obs	0.18272	42717	97.47 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0.01 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.33 Å	0.31 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.22 Å	0.14 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.82→43.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4244	0	6	235	4485

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	4358
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4024
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.235	1.958	5930
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.696	3	9351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.024	5	532
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	714
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	4783
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	817
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.3	861
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.228	0.3	4787
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.5	2723
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.5	290
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.15	0.3	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.205	0.3	139
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.218	0.5	37
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.409	1.5	2679
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.969	2	4379
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.602	3	1679
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.352	4.5	1551

LS精密化シェル

解像度: 1.82→1.867 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.284	163
R_work	0.252	2963

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1231	0.0167	0.0162	2.1919	-1.0801	0.9776	0.055	-0.1321	-0.0373	0.1836	-0.0801	0.0889	-0.1256	0.0205	0.0251	0.0606	-0.0068	-0.0128	0.0455	0.0002	0.0224	28.2756	45.2559	30.0352
2	1.9326	0.3609	0.2506	1.7226	0.749	1.1569	-0.0266	0.2042	-0.1074	-0.1563	0.0278	-0.046	-0.1119	0.0461	-0.0012	0.0473	-0.0014	-0.0075	0.0522	-0.0158	0.0192	22.0997	44.9461	3.428
3	1.2517	-0.0613	-0.0602	2.1818	0.9993	1.0308	0.0741	-0.1332	0.0448	0.1657	-0.0965	-0.1006	0.0928	-0.0205	0.0224	0.0493	-0.0087	0.0096	0.046	0.0135	0.0125	-4.0548	32.0594	59.3462
4	2.2191	0.4267	-0.3726	1.8565	-0.8891	1.2656	-0.0341	0.2651	0.0937	-0.1421	0.0446	0.024	0.0871	-0.0297	-0.0105	0.0379	0.0004	0.0128	0.06	0.0064	0.0076	2.7034	32.4182	32.82

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 133	13 - 145
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 133	13 - 145
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 133	13 - 145
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	1 - 133	13 - 145

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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