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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rx3 | ||||||
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タイトル | DIHYDROFOLATE REDUCTASE (E.C.1.5.1.3) COMPLEXED WITH METHOTREXATE AND NICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE PHOSPHATE (REDUCED FORM) | ||||||
![]() | DIHYDROFOLATE REDUCTASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / NADP / TRIMETHOPRIM RESISTANCE / METHOTREXATE RESISTANCE / ONE-CARBON METABOLISM | ||||||
機能・相同性 | ![]() methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / NADPH binding ...methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / NADPH binding / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Sawaya, M.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Loop and subdomain movements in the mechanism of Escherichia coli dihydrofolate reductase: crystallographic evidence. 著者: Sawaya, M.R. / Kraut, J. #1: ![]() タイトル: Isomorphous Crystal Structures of Escherichia Coli Dihydrofolate Reductase Complexed with Folate, 5-Deazafolate, and 5,10-Dideazatetrahydrofolate: Mechanistic Implications 著者: Reyes, V.M. / Sawaya, M.R. / Brown, K.A. / Kraut, J. #2: ![]() タイトル: Crystal Structure of Unliganded Escherichia Coli Dihydrofolate Reductase. Ligand-Induced Conformational Changes and Cooperativity in Binding 著者: Bystroff, C. / Kraut, J. #3: ![]() タイトル: Crystal Structures of Escherichia Coli Dihydrofolate Reductase: The Nadp+ Holoenzyme and the Folate.Nadp+ Ternary Complex. Substrate Binding and a Model for the Transition State 著者: Bystroff, C. / Oatley, S.J. / Kraut, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 52.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 36.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1dreC ![]() 1ra1C ![]() 1ra2C ![]() 1ra3C ![]() 1ra8C ![]() 1ra9C ![]() 1rb2C ![]() 1rb3C ![]() 1rc4C ![]() 1rd7C ![]() 1re7C ![]() 1rf7C ![]() 1rg7C ![]() 1rh3C ![]() 1rx1C ![]() 1rx2C ![]() 1rx4C ![]() 1rx5C ![]() 1rx6C ![]() 1rx7C ![]() 1rx8C ![]() 1rx9C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 18020.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 157分子 ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/MTX.gif)
![](data/chem/img/BME.gif)
![](data/chem/img/NAP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MTX.gif)
![](data/chem/img/BME.gif)
![](data/chem/img/NAP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-MN / |
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#3: 化合物 | ChemComp-MTX / |
#4: 化合物 | ChemComp-BME / |
#5: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: macroseeding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→100 Å / Num. obs: 8086 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.4 % / Rsym value: 0.087 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 35193 / Rmerge(I) obs: 0.087 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER 開始モデル: DHFR-FOLATE-NADP COMPLEX 解像度: 2.2→20 Å / Isotropic thermal model: TNT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT /
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS AND KRETSINGER / Bsol: 232.2 Å2 / ksol: 0.787 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5D / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.156 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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