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万見
- PDB-1rwd: Backbone NMR Structure of a Mutant P. Furiosus Rubredoxin Using R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rwd
タイトルBackbone NMR Structure of a Mutant P. Furiosus Rubredoxin Using Residual Dipolar Couplings
要素Rubredoxinルブレドキシン
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / residual dipolar couplings / structural genomics (構造ゲノミクス) / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
ルブレドキシン / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin domain / ルブレドキシン / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ルブレドキシン
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
手法溶液NMR / RDC directed fragment assembly
データ登録者Tian, F. / Valafar, H. / Prestegard, J.H. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2001
タイトル: A Dipolar Coupling Based Strategy for Simultaneous Resonance Assignment and Structure Determination of Protein Backbones
著者: Tian, F. / Valafar, H. / Prestegard, J.H.
履歴
登録2003年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2003年12月23日ID: 1M2Y
改定 1.02003年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rubredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8631
ポリマ－5,8631
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Rubredoxin / ルブレドキシン / Rd


分子量: 5863.470 Da / 分子数: 1 / 変異: W3Y, I23V, L32I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
遺伝子: RUB, PF1282 / プラスミド: PTRC99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NCM533 / 参照: UniProt: P24297

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111soft HNCA-E.COSY
121modified HNCO
131phase-MODULATED HSQC
242soft HNCA-E.COSY
252modified HNCO
262phase-MODULATED HSQC
173soft HNCA-E.COSY
183modified HNCO
193phase-MODULATED HSQC
NMR実験の詳細Text: Structure was determined using residual dipolar couplings from backbone atom pairs; modeled as an Ala-Gly polypeptide

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
14.5 mM Rubredoxin U-15N; 50 mM Na Phosphate; 100 mM NaCl; pH 6.390% H2O/10% D2O
22.5 mM Rubredoxin U-15N; 50 mM Na Phosphate ; 50 mM NaCl; pH 6.3; 7% Bicelle (3:1 DMPC:DHPC with 4% CTAB relative to DMPC)Bicelles in 90% H2O, 10% D2O
34.5 mM Rubredoxin U-15N; 50 mM Na Phosphate; 100 mM NaCl; pH 6.3; PF1 phage samplePhage in 90% H2O, 10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1100 mM NaCl 6.3 ambient 298 K
250 mM NaCl 6.3 ambient 298 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
REDcRAFT1Valafar, H. & Prestegard, J.H.構造決定
XPLOR-NIH2.9.1Schwieters, C.D., Kuszewski, J.J., Tjandra, N. & Clore, G.M.精密化
REDCAT1Valafar, H. & Prestegard, J.H.データ解析
精密化手法: RDC directed fragment assembly / ソフトェア番号: 1
詳細: RDCs were used in the initial assembly of 6 fragments. RDCs from two media were used to set relative orientation of fragments. Translational relationships of fragments were dictated by ...詳細: RDCs were used in the initial assembly of 6 fragments. RDCs from two media were used to set relative orientation of fragments. Translational relationships of fragments were dictated by sequence connectivities. The assembled structure was minimized using a molecular force field and RDC error function. All sidechain atoms beyond CB are missing.
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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