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- PDB-1rvs: STRUCTURE OF TRANSTHYRETIN IN AMYLOID FIBRILS DETERMINED BY SOLID... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rvs
タイトルSTRUCTURE OF TRANSTHYRETIN IN AMYLOID FIBRILS DETERMINED BY SOLID-STATE MAGIC ANGLE SPINNING NMR
要素Transthyretin
キーワードDE NOVO PROTEIN / TRANSTHYRETIN / TTR / AMYLOID / FIBRIL
機能・相同性
機能・相同性情報


The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / Retinoid metabolism and transport / thyroid hormone metabolic process / hormone binding / Neutrophil degranulation / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / hormone activity / protein-containing complex binding / protein-containing complex ...The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / Retinoid metabolism and transport / thyroid hormone metabolic process / hormone binding / Neutrophil degranulation / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / hormone activity / protein-containing complex binding / protein-containing complex / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法個体NMR / SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS
データ登録者Jaroniec, C.P. / Macphee, C.E. / Bajaj, V.S. / Mcmahon, M.T. / Dobson, C.M. / Griffin, R.G.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: High-resolution molecular structure of a peptide in an amyloid fibril determined by magic angle spinning NMR spectroscopy
著者: Jaroniec, C.P. / MacPhee, C.E. / Bajaj, V.S. / McMahon, M.T. / Dobson, C.M. / Griffin, R.G.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Molecular Conformation of a Peptide Fragment of Transthyretin in an Amyloid Fibril
著者: Jaroniec, C.P. / MacPhee, C.E. / Astrof, N.S. / Dobson, C.M. / Griffin, R.G.
履歴
登録2003年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年7月7日Group: Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn / diffrn_radiation ...diffrn / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id ..._pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transthyretin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,1981
ポリマ－1,1981
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Transthyretin / Prealbumin / TBPA


分子量: 1198.366 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-11 / 由来タイプ: 合成
詳細: THE PEPTIDE WAS SYNTHESIZED BY STANDARD SOLID-PHASE METHODS AND HPLC PURIFICATION.
由来: (合成) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P02767

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D-TEDOR
1212D-FS-REDOR
1313D-N-C-C-N
1413D-H-N-C-H

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試料調製

詳細内容: TRANSTHYRETIN AMYLOID FIBRILS
試料状態圧: AMBIENT / 温度: 275.15 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター製造業者: Home-built / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1BRUNGER精密化
RNMRRUBENcollection
RNMRRUBENデータ解析
精密化手法: SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1
詳細: IN ADDITION TO EXPERIMENTAL NMR RESTRAINTS, BACKBONE CONFORMATION INDEPENDENT DATABASE-DERIVED RESTRAINTS (DUNBRACK, R.L. AND KARPLUS, M.J., J.MOL.BIOL. 1993, 203:543-574) WERE USED TO ...詳細: IN ADDITION TO EXPERIMENTAL NMR RESTRAINTS, BACKBONE CONFORMATION INDEPENDENT DATABASE-DERIVED RESTRAINTS (DUNBRACK, R.L. AND KARPLUS, M.J., J.MOL.BIOL. 1993, 203:543-574) WERE USED TO UNIQUELY DEFINE THE SIDE-CHAIN CONFORMATION OF TYR AND LEU RESIDUES
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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