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- PDB-1rt0: 12-mer from site II calbindin D9K (DKNGDGEVSFEE) coordinating Zn(II) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rt0
タイトル12-mer from site II calbindin D9K (DKNGDGEVSFEE) coordinating Zn(II)
要素Vitamin D-dependent calcium-binding protein, intestinal
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / EF-hand toxic metal ion transport model of ICaBP coordination toward zinc
機能・相同性
機能・相同性情報


vitamin D binding / calcium-dependent protein binding / calcium ion binding / extracellular space / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. ...S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Ferrari, R. / Mendoza, G. / James, T. / Tonelli, M. / Basus, V. / Gasque, L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Coordination Compounds derived from a dodecapeptide and Pb2+, Cd2+ and Zn2+. Modeling the site II from the Calbindin D9K
著者: Ferrari, R. / Mendoza, G. / James, T. / Tonelli, M. / Basus, V. / Gasque, L.
履歴
登録2003年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _audit_author.name
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin D-dependent calcium-binding protein, intestinal


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,3261
ポリマ－1,3261
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Vitamin D-dependent calcium-binding protein, intestinal / CABP / Calbindin D9K


分子量: 1326.301 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 57-68 (SWS P02632) / 由来タイプ: 合成
詳細: Occurs naturaly in mammals calcium binding protein as the second calcium binding site. Purchased to Commonwealth Biotechnologies, Inc. as the trifluoroacetate salt, pur. min 95%
参照: UniProt: P02633

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D TOCSY
121noesyjr

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試料調製

詳細内容: 3mM Peptide and Zn(NO3)2. NaOH and HNO3 added for pH fixing to 7; 80% H2O, 20% D2O
溶媒系: 80% H2O, 20% D2O
試料状態イオン強度: aprox 0 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 288 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe1F. Delaglio, S. Grzesiek, G. W. Vuister, G. Zhu, J. Pfeifer, A. Bax解析
MARDIGRAS3.2James, Borgias, Thomas, Liu, Kumar, Tonelliiterative matrix relaxation
DYANA1.5Guenter, Mumenthaler, Herrmann構造決定
DYANA1.5Guenter, Mumenthaler, Herrmann精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: after a matrix relaxation
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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