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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rna | ||||||||||||||||||
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タイトル | CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF AN RNA HELIX: [U(U-A)6A]2 | ||||||||||||||||||
![]() | RNA (5'-R(*![]() RNA / A-RNA / DOUBLE HELIX | 機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) | ![]() 手法 | ![]() ![]() Dock-Bregeon, A.C. / Chevrier, B. / Podjarny, A. / Johnson, J. / De Bear, J.S. / Gough, G.R. / Gilham, P.T. / Moras, D. | ![]() ![]() タイトル: Crystallographic structure of an RNA helix: [U(UA)6A]2. 著者: Dock-Bregeon, A.C. / Chevrier, B. / Podjarny, A. / Johnson, J. / de Bear, J.S. / Gough, G.R. / Gilham, P.T. / Moras, D. #1: ![]() タイトル: High Resolution Structure of the RNA Duplex [u(u-A)6a]2 著者: Dock-Bregeon, A.C. / Chevier, B. / Podjarny, A. / Moras, D. / De Bear, J.S. / Gough, G.R. / Gilham, P.T. / Johnson, J.E. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 26.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 17.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 338.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 356.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 4402.644 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.03 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 308 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 308.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 35 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K |
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検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS CAD4 / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→25 Å / Num. all: 4924 / Num. obs: 2492 / Observed criterion σ(F): 2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.25 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. obs: 4924 / Observed criterion σ(F): 2 |
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解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.25→10 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.51 / σ(F): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS σ(F): 2 / 最高解像度: 2.25 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 2437 / Rfactor obs: 0.131 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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