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- PDB-1rn1: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF GLN 25-RIBONUCLEASE T1 AT 1.84 ANG... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rn1
タイトルTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF GLN 25-RIBONUCLEASE T1 AT 1.84 ANGSTROMS RESOLUTION: STRUCTURAL VARIATIONS AT THE BASE RECOGNITION AND CATALYTIC SITES
要素RIBONUCLEASE T1 ISOZYME
キーワードHYDROLASE(ENDORIBONUCLEASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


hyphal tip / ribonuclease T1 / ribonuclease T1 activity / cell septum / RNA endonuclease activity / lyase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Microbial ribonucleases / Guanine-specific ribonuclease N1/T1/U2 / Ribonuclease/ribotoxin / ribonuclease / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanyl-specific ribonuclease T1
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus oryzae (米麹菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Arni, R.K. / Pal, G.P. / Ravichandran, K.G. / Tulinsky, A. / Walz Junior, F.G. / Metcalf, P.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: Three-dimensional structure of Gln25-ribonuclease T1 at 1.84-A resolution: structural variations at the base recognition and catalytic sites.
著者: Arni, R.K. / Pal, G.P. / Ravichandran, K.G. / Tulinsky, A. / Walz Jr., F.G. / Metcalf, P.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989
タイトル: Crystal Structure of Guanosine-Free Ribonuclease T1, Complexed with Vanadate(V), Suggests Conformational Change Upon Substrate Binding
著者: Kostrewa, D. / Choe, H.-W. / Heinemann, U. / Saenger, W.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988
タイトル: Three Dimensional Structures of the Ribonuclease T1 2'-Gmp Complex at 1.9 Angstroms Resolution
著者: Arni, R. / Heinemann, U. / Tokuoka, R. / Saenger, W.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1987
タイトル: Restrained Least-Squares Refinement of the Crystal Structure of the Ribonuclease T1 2'-Guanylic Acid Complex at 1.9 Angstroms Resolution
著者: Arni, R. / Heinemann, V. / Maslowska, M. / Tokuoka, R. / Saenger, W.
#4: ジャーナル: Fresenius Z.Anal.Chem. / 年: 1987
タイトル: Structure and Function of the Enzyme Ribonuclease T1
著者: Arni, R. / Heinemann, U. / Saenger, W.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1980
タイトル: Crystallization of Ribonuclease T1
著者: Martin, P.O. / Tulinsky, A. / Walz, F.G.
履歴
登録1991年11月22日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.52019年8月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.62024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEASE T1 ISOZYME
B: RIBONUCLEASE T1 ISOZYME
C: RIBONUCLEASE T1 ISOZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5696
ポリマ－33,2813
非ポリマー2883
水3,225179
1
C: RIBONUCLEASE T1 ISOZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1902
ポリマ－11,0941
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: RIBONUCLEASE T1 ISOZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1902
ポリマ－11,0941
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: RIBONUCLEASE T1 ISOZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1902
ポリマ－11,0941
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.710, 37.540, 77.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: RESIDUES PRO 39 AND PRO 55 OF ALL CHAINS ARE CIS PROLINES.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.0701, 0.9676, -0.2427), (-0.5247, 0.1711, 0.8339), (0.8484, 0.1858, 0.4957)51.299, 4.649, -14.759
2given(0.5413, 0.6404, 0.5469), (0.0409, 0.6272, -0.7778), (-0.8398, 0.4433, 0.3133)-16.614, 43.666, 67.113
詳細THERE ARE THREE MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT, REFERRED TO AS CHAINS A, B, AND C. THE TRANSFORMATION PRESENTED AS *MTRIX 1* BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *A* WHEN APPLIED TO CHAIN *B*. THE TRANSFORMATION PRESENTED AS *MTRIX 2* BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *A* WHEN APPLIED TO CHAIN *C*.

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要素

#1: タンパク質 RIBONUCLEASE T1 ISOZYME


分子量: 11093.644 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: P00651, EC: 3.1.27.3
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THERE ARE THREE SULFATE IONS AT THE CATALYTIC SITES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.74 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: micro seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
155 %1reservoir(NH4)2SO4
20.1 Mpotasssium phosphate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.84 Å / Num. all: 24053 / Num. obs: 18062 / % possible obs: 75.1 % / Num. measured all: 53463 / Rmerge(I) obs: 0.046

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
PROLSQ精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.84→6 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数
Rwork0.144 -
obs0.144 16957
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2301 0 15 179 2495
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it22
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.92
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it54.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it6.46
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.144
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d0.030.039
X-RAY DIFFRACTIONx_planar_d0.060.057
X-RAY DIFFRACTIONx_plane_restr0.020.018
X-RAY DIFFRACTIONx_chiral_restr0.150.182

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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