+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rm1 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of a Yeast TFIIA/TBP/TATA-box DNA Complex | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | TRANSCRIPTION/DNA / Yeast TFIIA / TBP protein / ATA-box DNA / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() TFIIA-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / regulation of transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / DNA binding, bending / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter ...TFIIA-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / regulation of transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / DNA binding, bending / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / TBP-class protein binding / DNA-templated transcription initiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription coregulator activity / disordered domain specific binding / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jin, X. / Gewirth, D.T. / Geiger, J.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: High Resolution Structure of a Yeast TFIIA/TBP/TATA-box DNA Complex 著者: Jin, X. / Gewirth, D.T. / Geiger, J.H. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 124.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 89.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 463.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 479.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ytbS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 DE
#1: DNA鎖 | 分子量: 5532.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
---|---|
#2: DNA鎖 | 分子量: 5496.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-Transcription initiation factor IIA ... , 2種, 2分子 BC
#4: タンパク質 | 分子量: 13473.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TOA2, YKL058W / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#5: タンパク質 | 分子量: 32230.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TOA1, YOR194C / 発現宿主: ![]() ![]() |
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 302分子 A![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: タンパク質 | 分子量: 27042.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: SPT15, BTF1, YER148W / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.51 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG 4000, ammonium citrate, MES, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.908 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 29228 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1YTB 解像度: 2.5→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|