ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1.1 | 精密化 | XDS | | データ削減 | XDS | | データスケーリング | CNS | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB 1RJ4 解像度: 1.87→19.25 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 2543413.23 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.232 | 615 | 4.1 % | RANDOM |
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Rwork | 0.194 | - | - | - |
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obs | 0.194 | 15112 | 98.7 % | - |
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all | - | 15311 | - | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.2858 Å2 / ksol: 0.385833 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 3.15 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -0.64 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -2.51 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.24 Å | 0.2 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.1 Å | -0.01 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.87→19.25 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1107 | 0 | 0 | 121 | 1228 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.012 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.5 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d17.8 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d1.17 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it2.75 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it3.56 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it4.58 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it6.32 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.87→1.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.238 | 100 | 4.7 % |
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Rwork | 0.215 | 2034 | - |
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obs | - | 2210 | 93.1 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAMWATER.TOP | | | |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg17.8 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg1.17 | | | | |
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