PDB-1rh7: Crystal Structure of Resistin-like beta

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1rh7

タイトル

Crystal Structure of Resistin-like beta

要素

Resistin-like beta

キーワード

HORMONE/GROWTH FACTOR / HORMONE / GLUCOSE UPTAKE / RESISTIN/FIZZ FAMILY / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

response to bacterium / hormone activity / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.106 Å

データ登録者

Patel, S.D. / Rajala, M.W. / Scherer, P.E. / Shapiro, L. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: Science / 年: 2004
タイトル: Disulfide-dependent multimeric assembly of resistin family hormones
著者: Patel, S.D. / Rajala, M.W. / Rossetti, L. / Scherer, P.E. / Shapiro, L.

履歴

登録	2003年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年2月3日	Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: audit_author / struct_conn / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id ..._audit_author.identifier_ORCID / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1rh7.cif.gz	100.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1rh7.ent.gz	77 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1rh7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1rh7_validation.pdf.gz	765.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1rh7_full_validation.pdf.gz	787.5 KB	表示
XML形式データ	1rh7_validation.xml.gz	21.3 KB	表示
CIF形式データ	1rh7_validation.cif.gz	30.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/1rh7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/1rh7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1rfxC 1rgxSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1rgx-d 6w3y-2 2bzf-1 7a6o-d 6w3v-2 3vto-2 2gr7-2 6w3r-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-T756

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Resistin-like beta

B: Resistin-like beta

C: Resistin-like beta

D: Resistin-like beta

E: Resistin-like beta

F: Resistin-like beta

ヘテロ分子

53.6 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Resistin-like beta

B: Resistin-like beta

C: Resistin-like beta

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Resistin-like beta

E: Resistin-like beta

F: Resistin-like beta

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.604, 86.016, 283.406
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Cell setting	orthorhombic
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-515- HOH

#1: タンパク質	Resistin-like beta / RELMbeta / Cysteine-rich secreted protein FIZZ2 / Cysteine-rich secreted protein A12-beta 分子量: 8642.917 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: RETNLB or FIZZ2 / プラスミド: pFM1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99P86
#2: 化合物	ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION 分子量: 195.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
#3: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.6 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2.5M NaCl, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.06975 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.06975 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→15 Å / Num. all: 13231 / Num. obs: 13231 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.2 % / R_merge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 20
反射シェル	解像度: 3.1→3.21 Å / R_merge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 9.5 / Num. unique all: 1304 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.1	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1RGX

1rgx

解像度: 3.106→14.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.901 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.844 / SU B: 16.238 / SU ML: 0.287 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.441 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2638	671	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20117	-	-	-
all	0.20431	12406	-	-
obs	0.20431	12406	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.797 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.106→14.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3303	0	32	140	3475

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	3402
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2927
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.557	1.938	4627
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.826	3	6743
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.306	5	480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.313	21.978	91
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.03	15	479
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.532	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	534
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3895
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	665
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	803
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.23	0.2	3239
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.096	0.2	2153
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	145
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.356	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.22	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.257	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.618	1.5	2428
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.039	1.5	1013
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.135	2	3778
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.76	3	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.284	4.5	849
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.106→3.183 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.331	50
R_work	0.238	884
obs	-	884

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関連情報:EMDBヘッダ

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