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万見
- PDB-1rh2: RECOMBINANT HUMAN INTERFERON-ALPHA 2B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rh2
タイトルRECOMBINANT HUMAN INTERFERON-ALPHA 2B
要素INTERFERON-ALPHA 2B
キーワードCYTOKINE / INTERFERON / ANTI-VIRAL / IMMUNOMODULATOR / 4 HELIX BUNDLE
機能・相同性
機能・相同性情報


type I interferon receptor binding / B cell activation involved in immune response / negative regulation of interleukin-5 production / negative regulation of interleukin-13 production / negative regulation of T cell differentiation / natural killer cell activation involved in immune response / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / T cell activation involved in immune response / host-mediated suppression of symbiont invasion / cell surface receptor signaling pathway via STAT ...type I interferon receptor binding / B cell activation involved in immune response / negative regulation of interleukin-5 production / negative regulation of interleukin-13 production / negative regulation of T cell differentiation / natural killer cell activation involved in immune response / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / T cell activation involved in immune response / host-mediated suppression of symbiont invasion / cell surface receptor signaling pathway via STAT / TRAF6 mediated IRF7 activation / type I interferon-mediated signaling pathway / response to exogenous dsRNA / Regulation of IFNA/IFNB signaling / humoral immune response / cytokine activity / Evasion by RSV of host interferon responses / cellular response to virus / Interferon alpha/beta signaling / cell-cell signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / : / defense response to virus / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interferon alpha, beta and delta family signature. / Interferon alpha, beta and delta. / Interferon alpha/beta/delta / Interferon alpha/beta domain / Four-helical cytokine-like, core
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon alpha-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Walter, M.R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Zinc mediated dimer of human interferon-alpha 2b revealed by X-ray crystallography.
著者: Radhakrishnan, R. / Walter, L.J. / Hruza, A. / Reichert, P. / Trotta, P.P. / Nagabhushan, T.L. / Walter, M.R.
履歴
登録1996年11月7日処理サイト: BNL
改定 1.01997年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTERFERON-ALPHA 2B
B: INTERFERON-ALPHA 2B
C: INTERFERON-ALPHA 2B
D: INTERFERON-ALPHA 2B
E: INTERFERON-ALPHA 2B
F: INTERFERON-ALPHA 2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,92410
ポリマ－115,6626
非ポリマー2624
水00
1
A: INTERFERON-ALPHA 2B
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 19.3 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3422
ポリマ－19,2771
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: INTERFERON-ALPHA 2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3422
ポリマ－19,2771
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: INTERFERON-ALPHA 2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3422
ポリマ－19,2771
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: INTERFERON-ALPHA 2B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2771
ポリマ－19,2771
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: INTERFERON-ALPHA 2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3422
ポリマ－19,2771
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: INTERFERON-ALPHA 2B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2771
ポリマ－19,2771
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.400, 75.500, 148.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.998, -0.045, -0.036), (0.042, -0.128, -0.991), (0.04, -0.991, 0.129)86.804, 124.765, 109.34
2given(-0.984, -0.105, -0.142), (0.058, -0.952, 0.302), (-0.167, 0.289, 0.943)120.795, 60.644, -39.301
3given(0.997, 0.067, 0.025), (-0.017, -0.126, 0.992), (0.07, -0.99, -0.125)19.05, -25.903, 90.211
4given(0.991, 0.119, 0.055), (-0.119, 0.993, 0.002), (-0.055, -0.009, 0.998)-7.078, -5.137, -72.188
5given(-0.971, -0.114, -0.209), (0.224, -0.142, -0.964), (0.08, -0.983, 0.164)104.108, 105.491, 29.863

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要素

#1: タンパク質
INTERFERON-ALPHA 2B / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 19277.033 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01563
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
構成要素の詳細THE DISULFIDE BOND BETWEEN CYS 1 AND CYS 98 IS NOT OBSERVED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化手法: macroseeding / pH: 5.6
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 40MM ZINC ACETATE, 30MM CACODYLATE, PH 5.6; MACRO SEEDING WAS PERFORMED TO GET REASONABLE SIZE CRYSTALS., macroseeding
結晶化
*PLUS
温度: 23 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
140 mg/mlprotein1drop
240 mM1reservoirZnAc2
330 mMcacodylate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年12月1日
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→6 Å / Num. obs: 31925 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 92
反射
*PLUS
Num. measured all: 217393

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLECULARSTRUCTURE CORP.データ収集
MOLECULARSTRUCTURE CORP.データ削減
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
MSCデータ削減
MSCデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.9→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.1
詳細: SIX MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT WERE REFINED WITH NCS RESTRAINTS WITH WEIGHT = 30 KCAL/MOL-(A)2 AND SIGB = 1.5 (A)2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.311 1326 4.9 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.227 27010 99.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.34 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数787 0 4 0 791
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d21.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.58
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.02 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 -4.3 %
Rwork0.319 3083 -
obs--95.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2ZINC.PARZINC.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg21.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.58

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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