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- PDB-1rfs: RIESKE SOLUBLE FRAGMENT FROM SPINACH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rfs
タイトルRIESKE SOLUBLE FRAGMENT FROM SPINACH
要素RIESKE PROTEIN
キーワードIRON-SULFUR PROTEIN / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


plastoquinol-plastocyanin reductase / plastoquinol--plastocyanin reductase activity / : / chloroplast thylakoid membrane / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit / Iron-sulfur subunit PetC transmembrane anchor / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Rieske iron-sulphur protein / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. ...Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit / Iron-sulfur subunit PetC transmembrane anchor / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Rieske iron-sulphur protein / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Carrell, C.J. / Zhang, H. / Cramer, W.A. / Smith, J.L.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Biological identity and diversity in photosynthesis and respiration: structure of the lumen-side domain of the chloroplast Rieske protein.
著者: Carrell, C.J. / Zhang, H. / Cramer, W.A. / Smith, J.L.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: Characterization and Crystallization of the Lumen Side Domain of the Chloroplast Rieske Iron-Sulfur Protein
著者: Zhang, H. / Carrell, C.J. / Huang, D. / Sled, V. / Ohnishi, T. / Smith, J.L. / Cramer, W.A.
履歴
登録1997年8月14日処理サイト: BNL
改定 1.01998年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIESKE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8122
ポリマ－14,6361
非ポリマー1761
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.050, 31.870, 35.790
Angle α, β, γ (deg.)95.60, 106.10, 117.30
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 RIESKE PROTEIN / RIESKE IRON-SULFUR PROTEIN / RISP


分子量: 14636.430 Da / 分子数: 1 / 断片: SOLUBLE FRAGMENT, C-TERMINAL RESIDUES 41 - 179 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SUBUNIT OF THE CYTOCHROME B6-F COMPLEX / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / Organelle: CHLOROPLAST / 組織: LEAF / 参照: UniProt: P08980
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 31 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
1100 mMsodium acetate1reservoir
2100-200 mg/mlammonium acetate1reservoir
330 %PEG40001reservoir
450 mMsodium acetate1drop
550-100 mg/mlammonium acetate1drop
615 %PEG40001drop
715 mg/mlprotein1drop
810 mMMOPS1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.5
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年2月14日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→20 Å / Num. obs: 8758 / % possible obs: 89.7 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 1.83→1.9 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Rsym value: 0.108 / % possible all: 57.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 28882
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 57.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.83→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 391 4 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.17 8367 89.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数963 0 4 143 1110
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.92
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it10.3
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it11.4
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.87 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 30 4 %
Rwork0.244 469 -
obs--73.5 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.17 / Rfactor Rfree: 0.22 / Rfactor Rwork: 0.17
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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