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万見
- PDB-1rfr: NMR structure of the 30mer stemloop-D of coxsackieviral RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rfr
タイトルNMR structure of the 30mer stemloop-D of coxsackieviral RNA
要素stemloop-D RNA of the 5'-cloverleaf of coxsackievirus B3
キーワードRNA / loop with conformation similar to stable UNCG-tetraloops and U:G closing base pair / base-paired U:U-C:U-U:U mismatch / A-form helix stems
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Human coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, energy minimisation
データ登録者Ohlenschlager, O. / Wohnert, J. / Bucci, E. / Seitz, S. / Hafner, S. / Ramachandran, R. / Zell, R. / Gorlach, M.
引用ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2004
タイトル: The structure of the stemloop D subdomain of coxsackievirus B3 cloverleaf RNA and its interaction with the proteinase 3C.
著者: Ohlenschlager, O. / Wohnert, J. / Bucci, E. / Seitz, S. / Hafner, S. / Ramachandran, R. / Zell, R. / Gorlach, M.
履歴
登録2003年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: stemloop-D RNA of the 5'-cloverleaf of coxsackievirus B3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5371
ポリマ－9,5371
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy,target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: RNA鎖 stemloop-D RNA of the 5'-cloverleaf of coxsackievirus B3


分子量: 9536.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PROTEINASE 3C BINDING DOMAIN
由来: (組換発現) Human coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス)
属: Enterovirus / 生物種: Human enterovirus B
解説: two nucleotides (GG) at 5'-end and two nucleotides (UC) at the 3'-end were added for in vitro production
遺伝子: 5'-nontranslated region / プラスミド: pUC-19 / 発現宿主: in vitro (unknown)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: see below
NMR実験の詳細Text: the structure was determined using heteronuclear 2D and 3D NMR experiments, e.g. 3D HCCH-COSY, RELAY-COSY, TOCSY, H6/H5(C4N)H, C6/C5(C4N)H, H(CCN)H-TOCSY, HCCH-TOCSY, 2D H(N)CO, 2D CPMG-HSQC- ...Text: the structure was determined using heteronuclear 2D and 3D NMR experiments, e.g. 3D HCCH-COSY, RELAY-COSY, TOCSY, H6/H5(C4N)H, C6/C5(C4N)H, H(CCN)H-TOCSY, HCCH-TOCSY, 2D H(N)CO, 2D CPMG-HSQC-NOESY, 2D NOESY, 3D 1H,1H,15N-NOESY-HSQC, 3D 1H,1H,13C-NOESY-HSQC, CLEAN-TOCSY, 31P-SPINECHO-DIFFERENCE-CT-HMQC, HNN-COSY, 2D 1H,13C-HSQC, 2D 1H,15N-HSQC, HCN, H5(C5C4N)H, H8(C8C2)H2, 3D 13C-F1-FILTERED,13C-F3-EDITED-NOESY-HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.9mM SLD-RNA U-15N,13C; 10mM KH2PO4/K2HPO4, 40mM KCl, 0.2mM EDTA95% H2O, 5% v/v D2O or 99.99% v/v D2O
21.2mM SLD-RNA G,C-15N,13C; 10mM KH2PO4/K2HPO4, 40mM KCl, 0.2mM EDTA95% H2O, 5% v/v D2O or 99.99% v/v D2O
31.2mM SLD-RNA A,U-15N,13C; 10mM KH2PO4/K2HPO4, 40mM KCl, 0.2mM EDTA95% H2O, 5% v/v D2O or 99.99% v/v D2O
41.4mM SLD-RNA U-15N; 10mM KH2PO4/K2HPO4, 40mM KCl, 0.2mM EDTA95% H2O, 5% v/v D2O or 99.99% v/v D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
110mM KH2PO4/K2HPO4, 40mM KCl, 0.2mM EDTA 6.2ambient 298 K
210mM KH2PO4/K2HPO4, 40mM KCl, 0.2mM EDTA 6.2ambient 283 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1, rev. cVarian Inc.collection
VNMR6.1, rev. cVarian Inc.解析
XEASY1.3.9Bartelsデータ解析
FOUNDimplemented in CYANA-1.0.6Guntert構造決定
CYANA1.0.6Herrmann構造決定
OPAL2.6Luginbuhl精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing, energy minimisation
ソフトェア番号: 1
詳細: 1001 experimental distances derived from NOE cross peaks, 280 torsion angle constraints describing 258 torsion angles, 52 hydrogen bond constraints
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy,target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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