+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rez | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | HUMAN LYSOZYME-N-ACETYLLACTOSAMINE COMPLEX | |||||||||
要素 | LYSOZYME | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (O-GLYCOSYL) / GLYCOSYDASE / VERTEBRATE C-TYPE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytolysis / metabolic process / antimicrobial humoral response / retina homeostasis / Antimicrobial peptides / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / lysozyme / lysozyme activity ...cytolysis / metabolic process / antimicrobial humoral response / retina homeostasis / Antimicrobial peptides / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / inflammatory response / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Muraki, M. / Harata, K. / Sugita, N. / Sato, K. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Origin of carbohydrate recognition specificity of human lysozyme revealed by affinity labeling. 著者: Muraki, M. / Harata, K. / Sugita, N. / Sato, K. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992 タイトル: Dissection of the Functional Role of Structural Elements of Tyrosine-63 in the Catalytic Action of Human Lysozyme 著者: Muraki, M. / Harata, K. / Jigami, Y. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rez.cif.gz | 37.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1rez.ent.gz | 27.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rez.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1rez_validation.pdf.gz | 441.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1rez_full_validation.pdf.gz | 442.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1rez_validation.xml.gz | 4.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1rez_validation.cif.gz | 6.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/1rez ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/1rez | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14720.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: HUMAN LYSOZYME, PH 4.5, N-ACETYLLACTOSAMINE COVALENTLY ATTACHED TO ASP 53 VIA AN ESTER BOND 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00695, UniProt: P61626*PLUS, lysozyme |
---|---|
#2: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 4.5 / 詳細: pH 4.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Muraki, M., (1991) Biochim. Biophys. Acta 1079, 229. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418 |
---|---|
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.61→14.7 Å / Num. obs: 12070 / % possible obs: 76.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.049 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: NATIVE HUMAN LYSOZYME (PDB ENTRY 1LZ1) 解像度: 1.7→8 Å / σ(F): 3
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.74 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|