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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1re2 | |||||||||
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タイトル | HUMAN LYSOZYME LABELLED WITH TWO 2',3'-EPOXYPROPYL BETA-GLYCOSIDE OF N-ACETYLLACTOSAMINE | |||||||||
要素 | PROTEIN (LYSOZYME) | |||||||||
キーワード | LYSOZYME / MURAMIDASE / EC 3.2.1.17 / HYDROLASE(O-GLYCOSYL) / N-ACETYLLACTOSAMINE / AFFINITY LABELING | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 metabolic process / cytolysis / antimicrobial humoral response / retina homeostasis / Antimicrobial peptides / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / lysozyme / lysozyme activity ...metabolic process / cytolysis / antimicrobial humoral response / retina homeostasis / Antimicrobial peptides / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / inflammatory response / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Muraki, M. / Harata, K. / Sugita, N. / Sato, K. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Dual affinity labeling of the active site of human lysozyme with an N-acetyllactosamine derivative: first ligand assisted recognition of the second ligand. 著者: Muraki, M. / Harata, K. / Sugita, N. / Sato, K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1re2.cif.gz | 37.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1re2.ent.gz | 28.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1re2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1re2_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1re2_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1re2_validation.xml.gz | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1re2_validation.cif.gz | 11.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/1re2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/1re2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1rezS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14720.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00695, UniProt: P61626*PLUS, lysozyme | ||||
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#2: 多糖 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.55 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.5 / 詳細: pH 4.5 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→62.3 Å / Num. obs: 5742 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 3.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 23021 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1REZ WITH SOLVENT MOLECULESOMITTED 解像度: 2.3→8 Å / 交差検証法: A POSTERIORI / σ(F): 3
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原子変位パラメータ | Biso mean: 19.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.171 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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