PDB-1rdu: NMR STRUCTURE OF A PUTATIVE NIFB PROTEIN FROM THERMOTOGA (TM1290)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1rdu

タイトル

NMR STRUCTURE OF A PUTATIVE NIFB PROTEIN FROM THERMOTOGA (TM1290), WHICH BELONGS TO THE DUF35 FAMILY

要素

conserved hypothetical protein

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / ATNOS / CANDID / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Nitrogen fixation NifB

機能・相同性

MTH1175 domain / Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis domain / Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis / Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis superfamily / Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Etezady-Esfarjani, T. / Herrmann, T. / Peti, W. / Klock, H.E. / Lesley, S.A. / Wuthrich, K. / Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2004
タイトル: NMR Structure Determination of the Hypothetical Protein TM1290 from Thermotoga Maritima using Automated NOESY Analysis.
著者: Etezady-Esfarjani, T. / Herrmann, T. / Peti, W. / Klock, H.E. / Lesley, S.A. / Wuthrich, K. / Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2003年11月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1rdu.cif.gz	677.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1rdu.ent.gz	564.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1rdu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1rdu_validation.pdf.gz	354.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1rdu_full_validation.pdf.gz	484.2 KB	表示
XML形式データ	1rdu_validation.xml.gz	34.5 KB	表示
CIF形式データ	1rdu_validation.cif.gz	60.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/1rdu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/1rdu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1nzl-2 5hwc-d 1nzv-2 1fbz-2 6r12-3 5gjh-1 6rym-d 4j6k-2 1y9t-d 4tyz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 283154

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: conserved hypothetical protein

12.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 80	target function
代表モデル	モデル #2	closest to the average

#1: タンパク質	conserved hypothetical protein 分子量: 12551.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: tm1290 / プラスミド: pET25B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q9X116

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
2	2	2	3D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	2.3mM 15N-labeled TM1290, 95% H2O/5% D2O, 20mM sodium phosphate, pH 6.0	95% H2O/5% D2O, 20mM sodium phosphate, pH 6.0
2	3.8mM 15N-13C-labeled TM1290, 95% H2O/5% D2O, 20mM sodium phosphate, pH 6.0	95% H2O/5% D2O, 20mM sodium phosphate, pH 6.0

試料状態

Conditions-ID	pH	温度 (K)
1	6	313 K
2	6	313 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	600	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	900	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
DYANA	6	Guentert	精密化
XwinNMR	3.5		データ解析
XEASY			データ解析

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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新型コロナ情報

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