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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rca | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF THE CRYSTALLINE COMPLEX OF DEOXYCYTIDYLYL-3',5'-GUANOSINE (3',5'-DCPDG) CO-CRYSTALISED WITH RIBONUCLEASE AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION. RETROBINDING IN PANCREATIC RNASEA IS INDEPENDENT OF MODE OF INHIBITOR INTROMISSION | ||||||
要素 | RIBONUCLEASE A | ||||||
キーワード | HYDROLASE (ENDORIBONUCLEASE) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Lisgarten, J.N. / Palmer, R.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995 タイトル: Structure of the crystalline complex of deoxycytidylyl-3',5'-guanosine (3',5'-dCpdG) cocrystallized with ribonuclease at 1.9 A resolution. 著者: Listgarten, J.N. / Maes, D. / Wyns, L. / Aguilar, C.F. / Palmer, R.A. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: Newly Observed Binding Mode in Pancreatic Ribonuclease 著者: Aguilar, C.F. / Thomas, P.J. / Mills, A. / Moss, D.S. / Palmer, R.A. #2: ジャーナル: J.Crystallogr.Spectrosc.Res. / 年: 1984 タイトル: The Refined Structure of Ribonuclease-A at 1.45 Angstroms Resolution 著者: Borkakoti, N. / Moss, D.S. / Stanford, M.J. / Palmer, R.A. #3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1982 タイトル: Ribonuclease-A: Least-Squares Refinement of the Structure at 1.45 Angstroms Resolution 著者: Borkakoti, N. / Moss, D.S. / Palmer, R.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rca.cif.gz | 37.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rca.ent.gz | 24.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rca.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1rca_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1rca_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1rca_validation.xml.gz | 8.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1rca_validation.cif.gz | 11 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/1rca ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/1rca | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 93 / 2: CIS PROLINE - PRO 114 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CO-CRYSTALLIZED COMPLEX / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.55 % |
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結晶化 | *PLUS 手法: unknown / 詳細: Carlisle, C. H., (1974) J. Mol. Biol., 85, 1. / PH range low: 5.7 / PH range high: 5.2 |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 30-40 % / 一般名: ethanol |
-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.94 Å / Num. obs: 7807 / % possible obs: 89 % / Num. measured all: 17427 / Rmerge(I) obs: 0.059 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.94 Å / 最低解像度: 2.12 Å / % possible obs: 76 % |
-解析
ソフトウェア | 名称: RESTRAIN / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.218 / 最高解像度: 1.9 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: p_angle_d / Dev ideal: 0.058 |