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- PDB-1r9g: Three-dimensional Structure of YaaE from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r9g
タイトルThree-dimensional Structure of YaaE from Bacillus subtilis
要素Hypothetical protein yaaE
キーワードTRANSFERASE / TRIAD AMIDOTRANSFERASE / GLUTAMINASE / ALPHA/BETA PROTEIN / COFACTOR BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxine metabolic process / glutaminase complex / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) activity / pyridoxal phosphate biosynthetic process / L-glutamine catabolic process / glutaminase / glutaminase activity / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxT/SNO / PdxT/SNO family, conserved site / SNO glutamine amidotransferase family / PdxT/SNO family family signature. / PdxT/SNO family profile. / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxT
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bauer, J.A. / Bennett, E.M. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Three-dimensional Structure of YaaE from Bacillus subtilis, a Glutaminase Implicated in Pyridoxal-5'-phosphate Biosynthesis.
著者: Bauer, J.A. / Bennett, E.M. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
履歴
登録2003年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein yaaE
B: Hypothetical protein yaaE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8472
ポリマ－47,8472
非ポリマー00
水5,026279
1
A: Hypothetical protein yaaE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9231
ポリマ－23,9231
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hypothetical protein yaaE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9231
ポリマ－23,9231
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.500, 80.870, 115.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein yaaE


分子量: 23923.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: YAAE, BSU00120 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P37528
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.54 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: PEG 8000, HEPES, ethylene glycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 7.2 / PH range high: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110-12 %(w/v)PEG80001drop
2100 mMMOPS1droppH7.0-7.2
36 %(v/v)ethylene glycol1drop
42.5 mg/mlprotein1drop
52 mMdithiothreitol1reservoir

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンCHESS F210.979
シンクロトロンAPS 8-BM20.9796, 0.9794, 0.9642
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 2101CCD2001年12月13日Si monochromator
ADSC QUANTUM 3152CCD2002年4月22日monochromator
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SILICONSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2GRAPHITEMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.97961
30.97941
40.96421
反射最高解像度: 2.5 Å / Num. all: 15377 / Num. obs: 15377 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 63.907 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.285 / % possible all: 99
反射
*PLUS
Num. measured all: 118186 / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99 % / Rmerge(I) obs: 0.285

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→50 Å / 交差検証法: R-free / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2794 1415 -RANDOM
Rwork0.2401 ---
all0.244 15377 --
obs0.244 15377 99.8 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3014 0 0 279 3293
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007493
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.29273
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1017
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.80341
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3813 147 -
Rwork0.367 --
obs-2840 99 %
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0075
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.1017
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.80341

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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