PDB-1r8y: Crystal Structure of Mouse Glycine N-Methyltransferase (Monoclini...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1r8y

タイトル

Crystal Structure of Mouse Glycine N-Methyltransferase (Monoclinic Form)

要素

glycine N-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Glycine N-Methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

glycine N-methyltransferase / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / glycine N-methyltransferase activity / methionine metabolic process / S-adenosylmethionine metabolic process / folic acid binding / regulation of gluconeogenesis / glycogen metabolic process / glycine binding / one-carbon metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

多重同系置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Pakhomova, S. / Luka, Z. / Wagner, C. / Newcomer, M.E.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: Glycine N-methyltransferases: a comparison of the crystal structures and kinetic properties of recombinant human, mouse and rat enzymes.
著者: Pakhomova, S. / Luka, Z. / Grohmann, S. / Wagner, C. / Newcomer, M.E.

履歴

登録	2003年10月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1r8y.cif.gz	422.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1r8y.ent.gz	347.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1r8y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1r8y_validation.pdf.gz	443 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1r8y_full_validation.pdf.gz	501.8 KB	表示
XML形式データ	1r8y_validation.xml.gz	48.5 KB	表示
CIF形式データ	1r8y_validation.cif.gz	71.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/1r8y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/1r8y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1r74C 1r8xC 1xvaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1r8x-1 3ths-d 2idj-d 3thr-d 1r74-1 2azt-1 2idk-d 3ths-1 1d2g-2 6ufy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: glycine N-methyltransferase

B: glycine N-methyltransferase

C: glycine N-methyltransferase

D: glycine N-methyltransferase

E: glycine N-methyltransferase

F: glycine N-methyltransferase

G: glycine N-methyltransferase

H: glycine N-methyltransferase

ヘテロ分子

261 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: glycine N-methyltransferase

B: glycine N-methyltransferase

C: glycine N-methyltransferase

D: glycine N-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
131 kDa, 4 ポリマー
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2

E: glycine N-methyltransferase

F: glycine N-methyltransferase

G: glycine N-methyltransferase

H: glycine N-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
131 kDa, 4 ポリマー
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3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

4

A: glycine N-methyltransferase

B: glycine N-methyltransferase

C: glycine N-methyltransferase

D: glycine N-methyltransferase

ヘテロ分子

E: glycine N-methyltransferase

F: glycine N-methyltransferase

G: glycine N-methyltransferase

H: glycine N-methyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
261 kDa, 8 ポリマー
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5

A: glycine N-methyltransferase

B: glycine N-methyltransferase

C: glycine N-methyltransferase

D: glycine N-methyltransferase

ヘテロ分子

E: glycine N-methyltransferase

F: glycine N-methyltransferase

G: glycine N-methyltransferase

H: glycine N-methyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
261 kDa, 8 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	107.980, 108.300, 119.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.71, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	GLN	GLN	A	A	7 - 223	7 - 223
2	1	THR	THR	VAL	VAL	B	B	7 - 224	7 - 224
3	1	THR	THR	VAL	VAL	C	C	7 - 224	7 - 224
4	1	THR	THR	VAL	VAL	D	D	7 - 224	7 - 224
5	1	THR	THR	VAL	VAL	E	E	7 - 224	7 - 224
6	1	THR	THR	VAL	VAL	F	F	7 - 224	7 - 224
7	1	THR	THR	VAL	VAL	G	G	7 - 224	7 - 224
8	1	THR	THR	VAL	VAL	H	H	7 - 224	7 - 224
1	2	SER	SER	THR	THR	A	A	236 - 291	236 - 291
2	2	SER	SER	THR	THR	B	B	236 - 291	236 - 291
3	2	SER	SER	LYS	LYS	C	C	236 - 290	236 - 290
4	2	SER	SER	THR	THR	D	D	236 - 291	236 - 291
5	2	SER	SER	THR	THR	E	E	236 - 291	236 - 291
6	2	SER	SER	THR	THR	F	F	236 - 291	236 - 291
7	2	SER	SER	THR	THR	G	G	236 - 291	236 - 291
8	2	SER	SER	THR	THR	H	H	236 - 291	236 - 291

詳細

The biological assembly is a tetramer

#1: タンパク質	glycine N-methyltransferase 分子量: 32587.029 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: GNMT / プラスミド: pET17b, pMME / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9QXF8
#2: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.81 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: PEG4000, isopropanol, Tris, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 103 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年6月9日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→30 Å / Num. all: 40592 / Num. obs: 40592 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / R_sym value: 0.066 / Net I/σ(I): 19.6
反射シェル	解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.05 / Num. unique all: 5137 / R_sym value: 0.403 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MAR345		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換
開始モデル: PDB entry 1XVA

1xva

解像度: 3→13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.924 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.878 / SU B: 28.246 / SU ML: 0.501 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.641 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28508	1217	3 %	RANDOM
R_work	0.22215	-	-	-
all	0.224	39000	-	-
obs	0.224	39000	74.16 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.658 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.58 Å²	0 Å²	0.37 Å²
2-	-	0.99 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17552	0	40	14	17606

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.021	18012
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.65	1.942	24428
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.755	5	2249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	2678
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	13780
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.24	0.2	7745
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	552
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.391	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.229	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.353	1.5	11219
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.662	2	17896
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.091	3	6793
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.627	4.5	6532
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1807 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	tight positional	0.07	0.05
2	B	tight positional	0.07	0.05
3	C	tight positional	0.06	0.05
4	D	tight positional	0.07	0.05
5	E	tight positional	0.08	0.05
6	F	tight positional	0.07	0.05
7	G	tight positional	0.07	0.05
8	H	tight positional	0.07	0.05
1	A	tight thermal	0.12	0.5
2	B	tight thermal	0.11	0.5
3	C	tight thermal	0.1	0.5
4	D	tight thermal	0.12	0.5
5	E	tight thermal	0.12	0.5
6	F	tight thermal	0.11	0.5
7	G	tight thermal	0.12	0.5
8	H	tight thermal	0.12	0.5

LS精密化シェル

解像度: 3→3.074 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.465	87
R_work	0.346	2753
obs	-	2753

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4301	0.1077	0.4044	2.1118	0.9679	3.0375	-0.0369	0.1347	0.0858	0.3865	-0.0109	0.6021	0.3712	-0.24	0.0478	0.1734	0.0124	0.1548	0.2078	0.0718	0.4717	3.007	100.1395	78.6918
2	3.3108	0.5313	-0.6742	0.3359	0.825	4.3382	0.1601	0.0265	0.1678	-0.2388	0.01	0.4243	-0.0878	0.1529	-0.1701	0.2925	0.1192	-0.2328	0.4215	-0.0128	0.4329	-0.7817	94.0158	43.0353
3	5.998	0.303	-1.6357	1.7669	-0.3369	4.7235	0.2943	1.0669	0.4805	-0.3503	-0.2084	-0.3663	-0.0012	-0.304	-0.0859	0.1691	0.1688	0.0544	0.5073	0.0565	0.2306	44.6559	100.072	38.3933
4	4.9131	-0.6421	-0.8035	0.836	-0.3593	3.8422	0.0114	-0.4433	0.1803	0.2307	0.0046	-0.2381	-0.1016	0.457	-0.016	0.195	0.0759	-0.1499	0.356	-0.2071	0.183	48.7758	96.3377	74.257
5	0.6674	-0.0935	-0.0778	4.8356	-2.1854	4.6574	-0.1498	-0.2159	0.0055	0.1352	0.5141	0.4092	0.335	-0.3401	-0.3643	0.3318	-0.0543	-0.0727	0.167	0.0891	0.2353	75.4732	75.7294	19.6407
6	0.897	0.1925	-1.7062	3.2876	-0.7762	5.3259	-0.3787	0.4262	-0.3648	-0.4186	-0.131	-0.2537	1.4512	-0.3105	0.5096	0.7722	-0.0371	0.0101	0.3034	-0.0609	0.3113	87.1054	72.3854	-14.6271
7	1.0014	-0.8581	-0.1505	3.9045	0.2282	3.888	0.1647	0.3254	0.3086	-0.214	-0.0952	-0.0758	-0.1633	0.2112	-0.0694	0.0636	-0.0607	0.0486	0.1814	0.1312	0.4607	83.6512	117.9068	-19.9125
8	0.9466	0.0798	0.219	4.603	0.1999	4.2647	-0.0759	-0.2217	0.2557	0.4809	-0.0102	-0.048	-0.2838	-0.212	0.0861	0.2193	0.0443	0.0181	0.1301	-0.1011	0.4564	80.7274	121.183	16.146

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 292	2 - 292
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	I	1262
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	J	1282
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	2 - 292	2 - 292
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	K	2057
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	2 - 290	2 - 290
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	2 - 292	2 - 292
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	L	4185
9	X-RAY DIFFRACTION	4	D	M	4246
10	X-RAY DIFFRACTION	4	D	N	4262
11	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	2 - 292	2 - 292
12	X-RAY DIFFRACTION	5	E	O	5246
13	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	2 - 291	2 - 291
14	X-RAY DIFFRACTION	6	F	P	6282
15	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	2 - 292	2 - 292
16	X-RAY DIFFRACTION	7	G	Q	7246
17	X-RAY DIFFRACTION	7	G	R	7282
18	X-RAY DIFFRACTION	8	H	H	2 - 292	2 - 292

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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