PDB-1r75: Leishmania major hypothetical protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1r75

タイトル

Leishmania major hypothetical protein

要素

hypothetical protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI / Protein Structure Initiative / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / SGPP

機能・相同性

Domain of unknown function DUF1935 / Smp-1-like superfamily / Domain of unknown function (DUF1935) / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Unknown protein

機能・相同性情報

生物種

Leishmania major (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Han, G.W. / Merritt, E.A. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: LEISHMANIA MAJOR HYPOTHETICAL PROTEIN
著者: Han, G.W. / Merritt, E.A.

履歴

登録	2003年10月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1r75.cif.gz	38 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1r75.ent.gz	25.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1r75.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1r75_validation.pdf.gz	442 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1r75_full_validation.pdf.gz	443.6 KB	表示
XML形式データ	1r75_validation.xml.gz	8.2 KB	表示
CIF形式データ	1r75_validation.cif.gz	10.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/1r75 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/1r75	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3cm2-6 3cm2-11 5ghl-3 4cgw-2 3cm7-5 3cm2-7 3cm2-14 3clx-4 2jhb-d 3cm2-9 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Lmaj002144AAA

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein

ヘテロ分子

16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.629, 57.629, 84.546
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	hypothetical protein 分子量: 16230.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) Plasmid details: Cloned with MAHHHHHH appended to N-terminus プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 Star, T7 System / 参照: UniProt: P84150
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / 詳細: GOL
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.34 %

結晶化

温度: 298 K / pH: 7.6
詳細: pH 7.6, sitting drop vapor diffusion, temperature 298K, pH 7.60

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	Lmaj002144AAA	1	1
2	Na/K Phosphate	1	1
3	Hepes Buffer	1	1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 103 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→50 Å / Num. obs: 12293 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 6.23 % / R_sym value: 0.11 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 1.86→1.93 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / R_sym value: 0.11 / % possible all: 80.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	refmac_5.1.24 24/04/2001	精密化
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.86→18.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 2.973 / SU ML: 0.09 / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.128 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.228	589	4.811 %
R_work	0.201	-	-
obs	-	12244	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.82 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.001 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.001 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.002 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→18.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	895	0	6	105	1006

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.028	0.022	919
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	833
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.096	1.945	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.971	3	1926
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.028	5	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.129	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	206
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	151
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.26	0.2	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	440
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.097	0.2	618
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.315	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.307	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.197	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.61	1.5	545
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.96	2	885
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.325	3	374
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.442	4.5	357
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.86→1.9 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.275	38
R_work	0.27	657

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関連情報:EMDBヘッダ

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