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- PDB-1r70: Model of human IgA2 determined by solution scattering, curve fitt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r70
タイトルModel of human IgA2 determined by solution scattering, curve fitting and homology modelling
要素
  • Human IgA2(m1) Heavy Chain
  • Human IgA2(m1) Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunology / antibody / IgA / glycoprotein / Ig fold
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液散乱 / シンクロトロン / NUCLEAR REACTOR / CONSTRAINED MODEL FIT / 解像度: 30 Å
データ登録者Furtado, P.B. / Whitty, P.W. / Robertson, A. / Eaton, J.T. / Almogren, A. / Kerr, M.A. / Woof, J.M. / Perkins, S.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Solution Structure Determination of Monomeric Human IgA2 by X-ray and Neutron Scattering, Analytical Ultracentrifugation and Constrained Modelling: A Comparison with Monomeric Human IgA1.
著者: Furtado, P.B. / Whitty, P.W. / Robertson, A. / Eaton, J.T. / Almogren, A. / Kerr, M.A. / Woof, J.M. / Perkins, S.J.
履歴
登録2003年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年4月25日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / diffrn_source
Item: _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type / _diffrn_source.source
改定 1.52018年6月13日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation
Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l
改定 1.62024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE At the time of processing, there were no suitable sequence database references for the ...SEQUENCE At the time of processing, there were no suitable sequence database references for the proteins in this entry.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Human IgA2(m1) Light Chain
B: Human IgA2(m1) Heavy Chain
C: Human IgA2(m1) Light Chain
D: Human IgA2(m1) Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,2784
ポリマ－146,2784
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: 抗体 Human IgA2(m1) Light Chain / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 23216.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: human alpha 2 gene (light chain) / プラスミド: pEE6.HCMV / 細胞株 (発現宿主): Chinese hamster ovary (CHO) / 器官 (発現宿主): ovary
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): K1
#2: 抗体 Human IgA2(m1) Heavy Chain / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 49922.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: human alpha 2 gene (heavy chain) / プラスミド: pEE6.HCMV / 細胞株 (発現宿主): Chinese hamster ovary (CHO) / 器官 (発現宿主): ovary
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): K1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液散乱

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12881
22881
32881
放射光源
由来サイトビームラインタイプID
シンクロトロンSRS SRS BEAMLINE1
シンクロトロンESRF ID22
NUCLEAR REACTORISIS INSTRUMENT LOQ3
検出器
タイプID検出器日付
500 CHANNEL1QUADRANT DETECTOR2000年9月15日
FReLoN2CCD2002年7月15日
WIRE DETECTOR33HE ORDELA2000年11月15日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1single crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2single crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3time-of-flightLAUELneutron1
放射波長相対比: 1
Soln scatter

Data analysis software list: SCTPL7, GNOM / Sample pH: 7.4 / 温度: 288 K

タイプIDBuffer nameConc. range (mg/ml)Data reduction software list検出器タイプMax mean cross sectional radii gyration (nm)Max mean cross sectional radii gyration esd (nm)Mean guiner radius (nm)Mean guiner radius esd (nm)Min mean cross sectional radii gyration (nm)Min mean cross sectional radii gyration esd (nm)Num. of time framesProtein lengthSource beamlineSource classSource typeSource beamline instrument
x-ray1DULBECCO PBS2-15OTOKO500-CHANNEL QUADRANT1.370.165.170.112.390.11012.1YSRS BEAMLINE 2.1
x-ray2DULBECCO PBS0.55-1.12MULTICCDFRELON CCD CAMERA1.470.085.180.092.470.091016ID02YESRF BEAMLINE ID02
neutron3PBS IN 99.9% D2O2.0-3.0COLLETTEAREA (TIME-OF-FLIGHT)1.040.065.030.012.210.11PULSED NEUTRONNISISLOQ

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
検出器データ収集
OTOKOデータ削減
COLLETTEデータ削減
SCTPL5モデル構築
SCTPL7モデル構築
GNOMモデル構築
Insight IIIIモデル構築
DISCOVER精密化
Oモデル構築
検出器SUPPLIED SOFTWAREデータ削減
OTOKOデータスケーリング
COLLETTEデータスケーリング
SCTPLVERSION 5位相決定
GNOM位相決定
精密化構造決定の手法: CONSTRAINED MODEL FIT / 解像度: 30→1300 Å / Rfactor all: 0.066 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 30→1300 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1352 0 0 0 1352
Soln scatter model手法: CONSTRAINED SCATTERING FITTING OF HOMOLOGY MODELS
コンフォーマー選択の基準: THE MODELLED SCATTERING CURVES WERE ASSESSED BY CALCULATION OF THE RG, RSX-1 AND VALUES IN THE SAME Q RANGES USED IN THE EXPERIMENTAL GUINIER FITS. MODELS WERE ...コンフォーマー選択の基準: THE MODELLED SCATTERING CURVES WERE ASSESSED BY CALCULATION OF THE RG, RSX-1 AND VALUES IN THE SAME Q RANGES USED IN THE EXPERIMENTAL GUINIER FITS. MODELS WERE THEN RANKED USING A GOODNESS-OF-FIT R-FACTOR DEFINED BY ANALOGY WITH PROTEIN CRYSTALLOGRAPHY AND BASED ON THE EXPERIMENTAL CURVES IN THE Q RANGE EXTENDING TO 2.2 NM-1 (ESRF X-RAYS) AND 2.2 NM-1 (ISIS NEUTRONS).
詳細: HOMOLOGY MODELS WERE BUILT FOR THE IGA2 FAB AND FC FRAGMENTS STARTING FROM THE IGA1 MODEL (PDB ENTRY 1IGA). THE POSITIONS OF THE FAB FRAGMENTS RELATIVE TO THE FC FRAGMENT WERE DETERMINED BY ...詳細: HOMOLOGY MODELS WERE BUILT FOR THE IGA2 FAB AND FC FRAGMENTS STARTING FROM THE IGA1 MODEL (PDB ENTRY 1IGA). THE POSITIONS OF THE FAB FRAGMENTS RELATIVE TO THE FC FRAGMENT WERE DETERMINED BY AN APPROACH THAT COMBINED RANDOM HINGE PEPTIDE STRUCTURES PRODUCED BY MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS WITH CURVE-FITTING TO EXPERIMENTAL SOLUTION SCATTERING DATA. THE X-RAY AND NEUTRON SCATTERING CURVE I(Q) WAS CALCULATED ASSUMING A UNIFORM SCATTERING DENSITY FOR THE SPHERES USING THE DEBYE EQUATION AS ADAPTED TO SPHERES. X-RAY CURVES WERE CALCULATED FROM THE HYDRATED SPHERE MODELS WITHOUT CORRECTIONS FOR WAVELENGTH SPREAD OR BEAM DIVERGENCE, WHILE THESE CORRECTIONS WERE APPLIED FOR THE NEUTRON CURVES BUT NOW USING UNHYDRATED MODELS. A SINGLE ARRANGEMENT OF THE FAB FRAGMENTS IS PRESENTED, WHICH IS REPRESENTATIVE OF A FAMILY OF STRUCTURES THAT FIT THE SCATTERING DATA. MORE DETAILS ON THE MODELLING STRATEGY ARE CONTAINED IN THE PRIMARY REFERENCE.
Num. of conformers calculated: 10000 / Num. of conformers submitted: 1 / 代表コンフォーマー: 1 / Software author list: ACCELRYS
Software list: INSIGHT II, HOMOLOGY, DISCOVERY, BIOPOLYMER, DELPHI, O, SCTPL7, GNOM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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