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万見
- PDB-1r61: The structure of predicted metal-dependent hydrolase from Bacillu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r61
タイトルThe structure of predicted metal-dependent hydrolase from Bacillus stearothermophilus
要素metal-dependent hydrolase
キーワードHYDROLASE / zinc-dependent hydrolase / structural genomics / cyclase / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


arylformamidase activity / tryptophan catabolic process to kynurenine / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Putative cyclase / Kynurenine formamidase/cyclase-like / Kynurenine formamidase superfamily / Putative cyclase / Glucose Oxidase; domain 1 / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Maderova, J. / Borek, D. / Tomchick, D. / Joachimiak, A. / Collart, F. / Otwinowski, Z. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The structure of potential metal-dependent hydrolase with cyclase activity
著者: Maderova, J. / Borek, D. / Tomchick, D. / Joachimiak, A. / Collart, F. / Otwinowski, Z.
履歴
登録2003年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: metal-dependent hydrolase
B: metal-dependent hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,45216
ポリマ－46,1692
非ポリマー1,28414
水4,324240
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6990 Å2
ΔGint-249 kcal/mol
Surface area17230 Å2
手法PISA
2
A: metal-dependent hydrolase
B: metal-dependent hydrolase
ヘテロ分子

A: metal-dependent hydrolase
B: metal-dependent hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,90532
ポリマ－92,3374
非ポリマー2,56728
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area14960 Å2
ΔGint-509 kcal/mol
Surface area33480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.434, 118.434, 123.542
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2044-

HOH

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要素

#1: タンパク質 metal-dependent hydrolase


分子量: 23084.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
プラスミド: pMCSG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84132
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.45 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Tris-HCl, ammonium sulphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-BM11.2814
シンクロトロンAPS 19-ID20.9196
シンクロトロンAPS 19-ID30.9999
検出器
タイプID検出器日付
CUSTOM-MADE1CCD2003年4月21日
CUSTOM-MADE2CCD2003年6月22日
CUSTOM-MADE3CCD2003年8月24日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si220SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3Si220SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.28141
20.91961
30.99991
反射解像度: 2.5→35 Å / Num. all: 31141 / Num. obs: 31051 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 40 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 34.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.833 / Mean I/σ(I) obs: 2.72 / Num. unique all: 1528 / Rsym value: 0.833 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 5.999 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.193
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21521 1534 5 %RANDOM
Rwork0.17559 ---
all0.17757 28996 --
obs0.17757 28996 98.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.92 Å20 Å20 Å2
2--1.92 Å20 Å2
3----3.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3253 0 63 247 3563
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0213378
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023056
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7961.9724593
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86537114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.0425418
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2510
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023714
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02675
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2450.2701
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2710.23732
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0960.22110
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1980.2170
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0860.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3070.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2870.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.64322056
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.4833337
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.95821322
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.63631251
LS精密化 シェル解像度: 2.498→2.563 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.363 95
Rwork0.285 1835
obs-1528

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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