PDB-1r5b: Crystal structure analysis of sup35

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1r5b

タイトル

Crystal structure analysis of sup35

要素

Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit

キーワード

TRANSLATION / TRANSLATION TERMINATION / PEPTIDE RELEASE / GTPASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Eukaryotic Translation Termination / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / translation release factor complex / cytoplasmic translational termination / translation release factor activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / translation / GTPase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Kong, C. / Song, H.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004
タイトル: Crystal structure and functional analysis of the eukaryotic class II release factor eRF3 from S. pombe
著者: Kong, C. / Ito, K. / Walsh, M.A. / Wada, M. / Liu, Y. / Kumar, S. / Barford, D. / Nakamura, Y. / Song, H.

履歴

登録	2003年10月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1r5b.cif.gz	96.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1r5b.ent.gz	73.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1r5b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1r5b_validation.pdf.gz	425.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1r5b_full_validation.pdf.gz	439.4 KB	表示
XML形式データ	1r5b_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	1r5b_validation.cif.gz	26.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/1r5b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/1r5b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1r5nC 1r5oC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1r5o-d 1r5n-d 5c6d-1 3qu5-d 7liy-d 2dwp-d 6iby-d 2b8n-2 2b8n-1 6ic0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (7) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (7) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (7) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (4) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit

52.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.796, 83.796, 165.937
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit / ERF2 / Translation release factor 3 / ERF3 / ERF-3 分子量: 52103.195 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 196-662 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 遺伝子: SUP35, SPCC584.04 / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 star / 参照: UniProt: O74718
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit / ERF2 / Translation release factor 3 / ERF3 / ERF-3

分子量: 52103.195 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 196-662 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: SUP35, SPCC584.04 / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 star / 参照: UniProt: O74718

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.9 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: HEPES, Ethylene Glycol, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM14 / 波長: 0.9787, 0.9724, 0.9791

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月12日

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9787	1
2	0.9724	1
3	0.9791	1

反射

解像度: 2.35→20 Å / Num. all: 28714 / Num. obs: 24790 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 11.2

反射シェル

解像度: 2.35→2.41 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.375 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2840 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.35→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.924 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 9.427 / SU ML: 0.209 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.348 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: Hydrogens have been added in the riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.284	1284	5.1 %	RANDOM
R_work	0.255	-	-	-
obs	0.256	23902	99.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.52 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3222	0	0	159	3381

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	3273
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	3008
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.29	1.96	4413
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.826	3	7013
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.717	5	406
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	504
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3601
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	636
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	728
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.22	0.2	3671
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	2090
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	140
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.19	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.238	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.184	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.41	1.5	2029
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.781	2	3286
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.148	3	1244
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.924	4.5	1127

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.363	88
R_work	0.33	1739

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.0396	-0.2978	0.5134	0.1095	-3.3264	4.2188	-0.1486	-1.3905	-1.2061	0.4424	-0.0957	-0.2343	0.0815	1.7433	0.2443	0.5017	-0.2759	-0.0196	0.9404	0.0338	0.5339	22.681	16.1761	63.1833
2	3.9252	1.6428	0.6072	2.9062	1.3634	4.9778	0.2181	-0.5181	0.0748	0.2628	-0.1915	0.2685	0.0741	-0.5555	-0.0266	0.0582	-0.0738	0.0751	0.2156	-0.0652	0.1043	-8.7463	8.5136	60.3267
3	9.4152	2.0757	-2.6925	6.7788	0.5419	5.8247	-0.1181	0.1029	-1.5487	-0.5231	-0.1514	-0.7465	0.5402	0.7598	0.2695	0.0913	0.0801	0.0548	0.1155	-0.0092	0.2739	19.9373	8.8843	41.309
4	3.8346	2.7033	2.2142	6.5479	5.051	10.1847	0.715	-1.332	0.5902	0.8785	-0.3518	-0.8151	-0.9737	1.4826	-0.3632	0.6089	-0.5281	0.1236	0.9074	-0.151	0.4186	26.7247	29.1702	59.1425

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	215 - 236	20 - 41
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	237 - 463	42 - 268
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	464 - 554	269 - 359
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	555 - 662	360 - 467

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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