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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1r46 | |||||||||
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タイトル | Structure of human alpha-galactosidase | |||||||||
要素 | Alpha-galactosidase A | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / glycoprotein / carbohydrate-binding protein / glycosidase / lysosomal enzyme / (beta/alpha)8 barrel | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glycosylceramide catabolic process / negative regulation of nitric-oxide synthase activity / alpha-galactosidase / alpha-galactosidase activity / glycosphingolipid catabolic process / oligosaccharide metabolic process / glycoside catabolic process / galactoside binding / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / Glycosphingolipid catabolism ...glycosylceramide catabolic process / negative regulation of nitric-oxide synthase activity / alpha-galactosidase / alpha-galactosidase activity / glycosphingolipid catabolic process / oligosaccharide metabolic process / glycoside catabolic process / galactoside binding / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / Glycosphingolipid catabolism / catalytic activity / lysosomal lumen / azurophil granule lumen / lysosome / hydrolase activity / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å | |||||||||
データ登録者 | Garman, S.C. / Garboczi, D.N. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: The molecular defect leading to Fabry disease: structure of human alpha-galactosidase 著者: Garman, S.C. / Garboczi, D.N. | |||||||||
履歴 |
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Remark 600 | heterogen The NAG A 639 is one sugar of a polysaccharide. The rest of the sugars were not modelled ...heterogen The NAG A 639 is one sugar of a polysaccharide. The rest of the sugars were not modelled due to missing density |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1r46.cif.gz | 175.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1r46.ent.gz | 139.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1r46.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1r46_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1r46_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1r46_validation.xml.gz | 35.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1r46_validation.cif.gz | 47.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/1r46 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/1r46 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 45394.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P06280, alpha-galactosidase |
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-糖 , 5種, 6分子
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||||
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#3: 多糖 | #4: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #5: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #6: 糖 | ChemComp-NAG / | |
-非ポリマー , 2種, 22分子
#7: 化合物 | ChemComp-EDO / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % 解説: SMALL CRYSTALS PRODUCED WEAK ANISOTROPIC DIFFRACTION, LEADING TO VERY POOR MERGING STATISTICS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 30% PEG 4000, 0.1M TRIS HCL (PH 8.0), 0.2M AMMONIUM SULFATE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.033 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.25→40.92 Å / Num. all: 16005 / Num. obs: 16005 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 80.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.246 / Rsym value: 0.246 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 3.25→3.37 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 1542 / Rsym value: 0.74 / % possible all: 98.7 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 16080 / % possible obs: 99.8 % / Num. measured all: 156309 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.7 % / Num. unique obs: 1542 / Num. measured obs: 9921 / Rmerge(I) obs: 0.74 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Homology model derived from 1KTB 解像度: 3.25→40.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 1225510.47 / Data cutoff high rms absF: 1225510.47 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: 300 KCAL/MOL/A^2 NCS RESTRAINTS APPLIED TO ALL ATOMS IN EARLY ROUNDS OF REFINEMENT AND RELAXED IN LATER ROUNDS.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10.2863 Å2 / ksol: 0.256366 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.25→40.92 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR / Weight Biso : 2 / Weight position: 300 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3.25→3.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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