PDB-1r46: Structure of human alpha-galactosidase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1r46

タイトル

Structure of human alpha-galactosidase

要素

Alpha-galactosidase A

キーワード

HYDROLASE / glycoprotein / carbohydrate-binding protein / glycosidase / lysosomal enzyme / (beta/alpha)8 barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of nitric-oxide synthase activity / glycosylceramide catabolic process / alpha-galactosidase / glycosphingolipid catabolic process / alpha-galactosidase activity / oligosaccharide metabolic process / glycoside catabolic process / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / Glycosphingolipid catabolism / catalytic activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.25 Å

データ登録者

Garman, S.C. / Garboczi, D.N.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: The molecular defect leading to Fabry disease: structure of human alpha-galactosidase
著者: Garman, S.C. / Garboczi, D.N.

履歴

登録	2003年10月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 600

heterogen The NAG A 639 is one sugar of a polysaccharide. The rest of the sugars were not modelled ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1r46.cif.gz	175.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1r46.ent.gz	139.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1r46.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1r46_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1r46_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	1r46_validation.xml.gz	35.5 KB	表示
CIF形式データ	1r46_validation.cif.gz	47.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/1r46 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/1r46	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1r47C 1ktbS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3lxc-d 6ibt-d 6ibk-d 3hg5-d 3tv8-d 6ibm-d 3hg3-d 6ibr-d 3s5z-d 3lx9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-galactosidase A

B: Alpha-galactosidase A

ヘテロ分子

94.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.458, 88.458, 215.482
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Alpha-galactosidase A / Melibiase / Alpha-D- galactoside galactohydrolase / Alpha-D-galactosidase A / Agalsidase alfa 分子量: 45394.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P06280, alpha-galactosidase

-
糖 , 5種, 6分子

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-2-2-3/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c3-d1_c6-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#6: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 22分子

#7: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 %
解説: SMALL CRYSTALS PRODUCED WEAK ANISOTROPIC DIFFRACTION, LEADING TO VERY POOR MERGING STATISTICS

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 30% PEG 4000, 0.1M TRIS HCL (PH 8.0), 0.2M AMMONIUM SULFATE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	40 mg/ml	protein	1	drop
2	20 mM	Tris-HCl	1	drop	pH7.5
3	30 %(w/v)	PEG4000	1	reservoir
4	100 mM	Tris-HCl	1	reservoir	pH8.0
5	200 mM	ammonium sulfate	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.25→40.92 Å / Num. all: 16005 / Num. obs: 16005 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 9.7 % / B_iso Wilson estimate: 80.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.246 / R_sym value: 0.246 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 3.25→3.37 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 1542 / R_sym value: 0.74 / % possible all: 98.7
反射	PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 16080 / % possible obs: 99.8 % / Num. measured all*: 156309
反射シェル	PLUS % possible obs: 98.7 % / Num. unique obs: 1542 / Num. measured obs: 9921 / R_merge(I) obs*: 0.74

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Homology model derived from 1KTB

1ktb

解像度: 3.25→40.92 Å / R_factor R_free error: 0.011 / Data cutoff high absF: 1225510.47 / Data cutoff high rms absF: 1225510.47 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: 300 KCAL/MOL/A^2 NCS RESTRAINTS APPLIED TO ALL ATOMS IN EARLY ROUNDS OF REFINEMENT AND RELAXED IN LATER ROUNDS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.301	820	5.1 %	SHELLS
R_work	0.262	-	-	-
obs	0.262	16005	99.7 %	-
all	-	16005	-	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 10.2863 Å² / k_sol: 0.256366 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	29.37 Å²	18.03 Å²	0 Å²
2-	-	29.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	-58.73 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.53 Å	0.49 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.8 Å	0.9 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.25→40.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6253	0	268	18	6539

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	22.8
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.88
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	3.85	4.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	6.07	6
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	6.07	6
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	8.92	7.5

Refine LS restraints NCS

NCS model details: CONSTR / Weight B_iso : 2 / Weight position: 300

LS精密化シェル

解像度: 3.25→3.45 Å / R_factor R_free error: 0.036 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.403	123	4.8 %
R_work	0.38	2459	-
obs	-	-	99.2 %

精密化

*PLUS

最低解像度: 50 Å

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	22.8
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.9

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