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- PDB-1r1k: Crystal structure of the ligand-binding domains of the heterodime... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r1k
タイトルCrystal structure of the ligand-binding domains of the heterodimer EcR/USP bound to ponasterone A
要素
  • Ecdysone receptor
  • ULTRASPIRACLE PROTEIN
キーワードhormone/growth factor receptor / NUCLEAR RECEPTOR / TRANSCRIPTION REGULATION / HETERODIMER / ALPHA-HELICAL SANDWICH / Structural Proteomics in Europe / SPINE / Structural Genomics / hormone-growth factor receptor COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ecdysone binding / ecdysone receptor signaling pathway / bile acid signaling pathway / nuclear steroid receptor activity / negative regulation of inflammatory response / nuclear receptor activity / cell differentiation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II ...ecdysone binding / ecdysone receptor signaling pathway / bile acid signaling pathway / nuclear steroid receptor activity / negative regulation of inflammatory response / nuclear receptor activity / cell differentiation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Ecdysteroid receptor / Ecdysone receptor, ligand-binding domain / Retinoid X receptor/HNF4 / : / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type ...Ecdysteroid receptor / Ecdysone receptor, ligand-binding domain / Retinoid X receptor/HNF4 / : / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EPH / 2,3,14,20,22-PENTAHYDROXYCHOLEST-7-EN-6-ONE / Ecdysone receptor / Gene regulation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Heliothis virescens (蝶・蛾)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Billas, I.M.L. / Iwema, T. / Garnier, J.-M. / Mitschler, A. / Rochel, N. / Moras, D. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2003
タイトル: Structural adaptability in the ligand-binding pocket of the ecdysone hormone receptor.
著者: Billas, I.M.L. / Iwema, T. / Garnier, J.M. / Mitschler, A. / Rochel, N. / Moras, D.
履歴
登録2003年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999sequence no suitable sequence database reference was available for chains A or D, at the time of ...sequence no suitable sequence database reference was available for chains A or D, at the time of processing this file

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Ecdysone receptor
A: ULTRASPIRACLE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4954
ポリマ－60,3212
非ポリマー1,1752
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5020 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area21630 Å2
手法PISA
2
D: Ecdysone receptor
A: ULTRASPIRACLE PROTEIN
ヘテロ分子

D: Ecdysone receptor
A: ULTRASPIRACLE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,9918
ポリマ－120,6414
非ポリマー2,3494
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_557y,x,-z+21
Buried area12050 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area41260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.401, 57.401, 302.696
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Ecdysone receptor / Ecdysteroid receptor / 20-hydroxy-ecdysone receptor / 20E receptor / HvEcR


分子量: 30368.961 Da / 分子数: 1 / 断片: hormone binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Heliothis virescens (蝶・蛾) / 遺伝子: ECR OR NR1H1 / プラスミド: pET32b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O18473
#2: タンパク質 ULTRASPIRACLE PROTEIN


分子量: 29951.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Heliothis virescens (蝶・蛾) / プラスミド: pACYC11b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7SIF6
#3: 化合物 ChemComp-P1A / 2,3,14,20,22-PENTAHYDROXYCHOLEST-7-EN-6-ONE / PONASTERONE A / 25-DEOXYECDYSTERONE / 25-DEOXY-20-HYDROXYECDYSONE, / ポナステロンA


分子量: 464.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H44O6
#4: 化合物 ChemComp-EPH / L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 709.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H68NO8P / コメント: リン脂質*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 24 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
125 mMTris1droppH8.0
2100 mM1dropNaCl
3100 mM1dropKCl
44 mMCHAPS1drop
52 %(v/v)glycerol1drop
64-6 mg/mlprotein1drop
730 %PEG40001reservoir
80.2 Mammonium sulfate1reservoir
90.1 Msodium citrate1reservoirpH5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月28日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 13703 / Num. obs: 13703 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.052
反射 シェル解像度: 2.9→2.97 Å / Rsym value: 0.38 / % possible all: 97.9
反射
*PLUS
冗長度: 9.5 % / Num. measured all: 129598 / Rmerge(I) obs: 0.052
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.9 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 4.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Vitamin D receptor, PDB entry 1DB1

1db1


解像度: 2.9→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.304 1388 RANDOM
Rwork0.243 --
all0.243 13689 -
obs0.243 13637 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3797 0 82 8 3887
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.03

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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