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- PDB-1r1g: Crystal Structure of the Scorpion Toxin BmBKTtx1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r1g
タイトルCrystal Structure of the Scorpion Toxin BmBKTtx1
要素Neurotoxin BmK37
キーワードTOXIN / SIRAS from S atoms / scorpion toxin / BmBKTtx1 / reductive dimethylation
機能・相同性Scorpion short toxins signature. / Scorpion short chain toxin, potassium channel inhibitor / Scorpion short toxin, BmKK2 / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / ion channel inhibitor activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Potassium channel toxin alpha-KTx 19.1
機能・相同性情報
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Szyk, A. / Lu, W. / Xu, C. / Lubkowski, J.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structure of the scorpion toxin BmBKTtx1 solved from single wavelength anomalous scattering of sulfur.
著者: Szyk, A. / Lu, W. / Xu, C. / Lubkowski, J.
履歴
登録2003年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
Remark 999SEQUENCE ALL PRIMARY AMINO GROUPS (FIVE LYSINE RESIDUES AND THE N-TERMINUS) WERE DIMETHYLATED. ...SEQUENCE ALL PRIMARY AMINO GROUPS (FIVE LYSINE RESIDUES AND THE N-TERMINUS) WERE DIMETHYLATED. DENSITY WAS NOT SUFFICIENT TO MODEL THE METHYL GROUPS FOR THE N-TERMINUS.

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neurotoxin BmK37
B: Neurotoxin BmK37


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0232
ポリマ－7,0232
非ポリマー00
水1,946108
1
A: Neurotoxin BmK37


  • 登録者が定義した集合体
  • 3.51 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,5111
ポリマ－3,5111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Neurotoxin BmK37


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,5111
ポリマ－3,5111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)21.397, 39.695, 29.368
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Biologically active form of BmBKTx1 is a monomer.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Neurotoxin BmK37 / BmBKTtx1


分子量: 3511.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Sequence corresponds to that of naturally occuring toxin from scorpion Buthus martensi Karsch. Protein was synthesized using Boc chemistry. After folding all primary amino groups of BmBKTtx1 ...詳細: Sequence corresponds to that of naturally occuring toxin from scorpion Buthus martensi Karsch. Protein was synthesized using Boc chemistry. After folding all primary amino groups of BmBKTtx1 (five lysine residues and the N-terminus) were dimethylated.
参照: UniProt: P83407
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Sodium Formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
手法: sparse-matrix
溶液の組成
*PLUS
濃度: 100 mg/ml / 一般名: protein

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5478 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年8月15日 / 詳細: Osmic mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5478 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→30 Å / Num. all: 5064 / Num. obs: 5028 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 14.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 65.5
反射 シェル解像度: 1.72→1.78 Å / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Mean I/σ(I) obs: 19 / Num. unique all: 491 / Rsym value: 0.089 / % possible all: 91.6
反射
*PLUS
Num. obs: 5064 / Num. measured all: 9834
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MAR345データ収集
HKL-2000データスケーリング
XPREPデータ削減
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.72→14.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 272 5.4 %RANDOM
Rwork0.166 ---
all-5028 --
obs-5028 95.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 77.9579 Å2 / ksol: 0.428433 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 17.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.94 Å20 Å2-1.33 Å2
2---1.59 Å20 Å2
3----0.35 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.04 Å0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→14.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数480 0 0 108 588
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.68
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.721.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.162
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.592
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.492.5
LS精密化 シェル解像度: 1.72→1.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 45 5.6 %
Rwork0.181 765 -
obs-804 91.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Num. reflection obs: 4756 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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