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万見
- PDB-1qz4: Structure of YcfC Protein of Unknown Function Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qz4
タイトルStructure of YcfC Protein of Unknown Function Escherichia coli
要素Hypothetical protein ycfC
キーワードStructural genomics / unknown function / helix-turn-helix motif / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


response to heat / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
YcfC-like / HflD-like / High frequency lysogenization protein HflD / HflD-like superfamily / Protein of unknown function (DUF489) / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / High frequency lysogenization protein HflD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Otwinowski, Z. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of a hypothetical protein ycfC coded by Escherichia coli genome.
著者: Otwinowski, Z. / Borek, D.M. / Chen, Y. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Edwards, A.
履歴
登録2003年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein ycfC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,99812
ポリマ－22,8971
非ポリマー2,10111
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.102, 62.749, 68.399
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein ycfC / ORF-23


分子量: 22897.371 Da / 分子数: 1 / 断片: ycfC protein / 変異: none / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: YCFC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25746
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 3350, zinc acetate, lithium acetate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID10.999871
シンクロトロンAPS 19-ID20.91963
検出器
タイプID検出器日付
CUSTOM-MADE1CCD2003年8月24日
CUSTOM-MADE2CCD2003年6月21日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR SI-220SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR SI-220SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9998711
20.919631
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 13895 / Num. obs: 11477 / % possible obs: 82.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 15.87
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / Rmerge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 36.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散
開始モデル: Build by WARP/ARP

解像度: 2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / SU B: 2.014 / SU ML: 0.058 / σ(F): 0 / ESU R: 0.212 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
all0.15729 11138 -
obs0.15729 11138 85.24 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.821 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.99 Å20 Å20 Å2
2--0.8 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1605 0 15 111 1731
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0211620
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021543
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5821.9742197
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91133567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2685212
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2267
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021805
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02302
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.2390
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2310.21704
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.2976
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.220.282
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.3670.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1540.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2690.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1460.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.32121054
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.4731679
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.5482566
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.3923518
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free11.153210
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rwork0.148 400
Rfree-0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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