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- PDB-1qwj: The Crystal Structure of Murine CMP-5-N-Acetylneuraminic Acid Syn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qwj
タイトルThe Crystal Structure of Murine CMP-5-N-Acetylneuraminic Acid Synthetase
要素cytidine monophospho-N-acetylneuraminic acid synthetase
キーワードTRANSFERASE / CMP-5-N-acetylneuraminic acid synthetase / CMP-Neu5Ac / sialic acid / glycosylation / lipopolysaccharide biosynthesis / sugar-activating enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acylneuraminate cytidylyltransferase / Sialic acid metabolism / N-acetylneuraminate metabolic process / CMP-N-acetylneuraminate biosynthetic process / N-acylneuraminate cytidylyltransferase activity / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Acylneuraminate cytidylyltransferase / Cytidylyltransferase / : / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NCC / N-acylneuraminate cytidylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Krapp, S. / Muenster-Kuehnel, A.K. / Kaiser, J.T. / Huber, R. / Tiralongo, J. / Gerardy-Schahn, R. / Jacob, U.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: The Crystal Structure of Murine CMP-5-N-acetylneuraminic Acid Synthetase
著者: Krapp, S. / Muenster-Kuehnel, A.K. / Kaiser, J.T. / Huber, R. / Tiralongo, J. / Gerardy-Schahn, R. / Jacob, U.
履歴
登録2003年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cytidine monophospho-N-acetylneuraminic acid synthetase
B: cytidine monophospho-N-acetylneuraminic acid synthetase
C: cytidine monophospho-N-acetylneuraminic acid synthetase
D: cytidine monophospho-N-acetylneuraminic acid synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,1937
ポリマ－104,3504
非ポリマー1,8433
水2,792155
1
A: cytidine monophospho-N-acetylneuraminic acid synthetase
B: cytidine monophospho-N-acetylneuraminic acid synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7893
ポリマ－52,1752
非ポリマー6141
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5640 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area19600 Å2
手法PISA
2
C: cytidine monophospho-N-acetylneuraminic acid synthetase
D: cytidine monophospho-N-acetylneuraminic acid synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4044
ポリマ－52,1752
非ポリマー1,2292
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6260 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area20240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.048, 79.941, 170.251
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
cytidine monophospho-N-acetylneuraminic acid synthetase


分子量: 26087.453 Da / 分子数: 4 / 断片: Residues 40-268 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cmas / プラスミド: pGEX-4T-2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q99KK2, N-acylneuraminate cytidylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-NCC / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE-5-N-ACETYLNEURAMINIC ACID / CMP-Neu5Ac


分子量: 614.451 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H31N4O16P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.04 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.9
詳細: Tris-HCl, sodium citrate, PEG 400, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
1100 mMTris-HCl1reservoirpH8.9
2200 mMsodium cirtate1reservoir
320 %(v/v)PEG4001reservoir
42 mMTris-HCl1droppH8.0
5150 mM1dropNaCl
60.1 mM1dropNaN3
710 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンMPG/DESY, HAMBURG BW611.00590, 1.00850, 0.95000
回転陽極RIGAKU RU20021.5418
検出器
ID検出器日付詳細
1CCD2001年12月10日mirrors
2IMAGE PLATE2002年2月13日mirrors
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-IDモノクロメーター
1MADMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1GRAPHITE
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.00591
21.00851
30.951
41.54181
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 28530 / Num. obs: 25492 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル最高解像度: 2.8 Å / Rsym value: 0.321
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.321

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: HG-MIR structure

解像度: 2.8→50 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.304 1364 random
Rwork0.24 --
all-28530 -
obs-25492 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7333 0 123 155 7611
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0078
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.274
精密化
*PLUS
Num. reflection Rfree: 1267 / Rfactor Rwork: 0.24
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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