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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qvf | ||||||
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タイトル | Structure of a deacylated tRNA minihelix bound to the E site of the large ribosomal subunit of Haloarcula marismortui | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / ribosome 50S / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / RNA-RNA COMPLEX / PROTEIN-RNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / cytosolic ribosome / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / cytosolic ribosome / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / DNA repair / nucleotide binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Haloarcula marismortui (好塩性) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Schmeing, T.M. / Moore, P.B. / Steitz, T.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: RNA / 年: 2003 タイトル: Structures of deacylated tRNA mimics bound to the E site of the large ribosomal subunit 著者: Schmeing, T.M. / Moore, P.B. / Steitz, T.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qvf.cif.gz | 2.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qvf.ent.gz | 1.9 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qvf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1qvf_validation.pdf.gz | 759.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1qvf_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1qvf_validation.xml.gz | 326 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1qvf_validation.cif.gz | 510.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/1qvf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/1qvf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 093
#1: RNA鎖 | 分子量: 946034.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: GenBank: 3377779 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 39318.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: GenBank: 3377779 |
#3: RNA鎖 | 分子量: 8954.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
+50S ribosomal protein ... , 25種, 25分子 ABCDEFGIJKMNOPQRSTUVWXZ12
-タンパク質 , 3種, 3分子 HLY
#11: タンパク質 | 分子量: 18022.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P60617*PLUS |
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#15: タンパク質 | 分子量: 22856.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P60618*PLUS |
#28: タンパク質 | 分子量: 8097.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P60619*PLUS |
-非ポリマー , 6種, 7973分子
#32: 化合物 | ChemComp-MG / #33: 化合物 | #34: 化合物 | ChemComp-NA / #35: 化合物 | ChemComp-CL / #36: 化合物 | ChemComp-CD / #37: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.06 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.1 / 手法: back-extraction, 蒸気拡散法 / 詳細: Ban, N., (2000) Science, 289, 905. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 8-BM / 波長: 1.0015 Å |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0015 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 330438 / Num. obs: 327612 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Net I/σ(I): 13.45 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.18 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3.1 Å / Num. measured all: 1662618 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB entry 1jj2 解像度: 3.1→50 Å / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→50 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 3.1 Å / Rfactor Rfree: 0.258 / Rfactor Rwork: 0.204 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |