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- PDB-1quz: Solution structure of the potassium channel scorpion toxin HSTX1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1quz
タイトルSolution structure of the potassium channel scorpion toxin HSTX1
要素HSTX1 TOXIN
キーワードTOXIN / SCORPION TOXIN / ALPHA BETA / MOLECULAR MODELING / POTASSIUM CHANNEL
機能・相同性Scorpion short toxins signature. / Scorpion short chain toxin, potassium channel inhibitor / Scorpion short toxin, BmKK2 / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / ion channel inhibitor activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Potassium channel toxin alpha-KTx 6.3
機能・相同性情報
手法溶液NMR / A COMPLETLY EXTENDED CONFORMATION WAS USED AS THE STARTING STRUCTURE. 25 ITERATIONS WERE MADE. 500 STRUCTURES WERE CALCULATED. RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS AT 600K A SLOW COOLING. MINIMIZATION WERE MADE WITH AN ELECTROSTATIC TERM TOPALLH22X.PRO, PARALLH22X.PRO
データ登録者Savarin, P. / Romi-Lebrun, R. / Zinn-Justin, S. / Lebrun, B. / Nakajima, T. / Gilquin, B. / Menez, A.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999
タイトル: Structural and functional consequences of the presence of a fourth disulfide bridge in the scorpion short toxins: solution structure of the potassium channel inhibitor HsTX1.
著者: Savarin, P. / Romi-Lebrun, R. / Zinn-Justin, S. / Lebrun, B. / Nakajima, T. / Gilquin, B. / Menez, A.
#1: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1997
タイトル: A four-disulfide-bridged toxin, with high affinity towards voltage-gatedc K+ channels, isolated from Heterometrus spinnifer (scorpionidae) venom
著者: Lebrun, B. / Romi-Lebrun, R. / Martin-Eauclaire, M.F. / Yasuda, A. / Ishiguro, M. / Oyama, Y. / Pongs, O. / Nakajima, T.
#2: ジャーナル: Toxicon / 年: 1998
タイトル: Maurotoxin, a four disulfide bridges scorpion toxin acting on K+ channels.
著者: Rochat, H. / Kharrat, R. / Sabatier, J.M. / Mansuelle, P. / Crest, M. / Martin-Eauclaire, M.F. / Sampieri, F. / Oughideni, R. / Mabrouk, K. / Jacquet, G. / Van Rietschoten, J. / El Ayeb, M.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Purification, characterization, and synthesis of three novel toxins from the Chinese scorpion Buthus martensi, which act on K+ channels
著者: Romi-Lebrun, R. / Lebrun, B. / Martin-Eauclaire, M.F. / Ishiguro, M. / Escoubas, P. / Wu, F.Q. / Hisada, M. / Pongs, O. / Nakajima, T.
履歴
登録1999年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HSTX1 TOXIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,8351
ポリマ－3,8351
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド HSTX1 TOXIN


分子量: 3834.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: SOLID PHASE CHEMICAL SYNTHESIS USING THE FMOC METHODOLOGY. THE SEQUENCE OF THIS PEPTIDE OCCURS NATURALLY IN SCORPIONS (SCORPIONIDAE).
参照: UniProt: P59867
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111DQF-COSY
1222D NOESY
133OFF-RESONANCE ROESY (35)

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
15 MG HSTX1; TSP; HCL FOR PH
25 MG HSTX1; TSP; DCL FOR PD
試料状態pH: 4 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix97BIOSYMデータ解析
X-PLOR3.1BRUNGER構造決定
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
精密化手法: A COMPLETLY EXTENDED CONFORMATION WAS USED AS THE STARTING STRUCTURE. 25 ITERATIONS WERE MADE. 500 STRUCTURES WERE CALCULATED. RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS AT 600K A SLOW COOLING. ...手法: A COMPLETLY EXTENDED CONFORMATION WAS USED AS THE STARTING STRUCTURE. 25 ITERATIONS WERE MADE. 500 STRUCTURES WERE CALCULATED. RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS AT 600K A SLOW COOLING. MINIMIZATION WERE MADE WITH AN ELECTROSTATIC TERM TOPALLH22X.PRO, PARALLH22X.PRO
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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