[日本語] English
万見
- PDB-1qu6: STRUCTURE OF THE DOUBLE-STRANDED RNA-BINDING DOMAIN OF THE PROTEI... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qu6
タイトルSTRUCTURE OF THE DOUBLE-STRANDED RNA-BINDING DOMAIN OF THE PROTEIN KINASE PKR REVEALS THE MOLECULAR BASIS OF ITS DSRNA-MEDIATED ACTIVATION
要素PROTEIN KINASE PKR
キーワードTRANSFERASE / DSRNA-BINDING DOMAIN / PKR / SOLUTION STRUCTURE / PROTEIN KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Inhibition of PKR / regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / response to interferon-alpha / negative regulation of osteoblast proliferation / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / protein phosphatase regulator activity / SUMOylation of immune response proteins / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / regulation of translational initiation ...Inhibition of PKR / regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / response to interferon-alpha / negative regulation of osteoblast proliferation / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / protein phosphatase regulator activity / SUMOylation of immune response proteins / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / regulation of translational initiation / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / negative regulation of viral genome replication / endoplasmic reticulum unfolded protein response / positive regulation of chemokine production / antiviral innate immune response / cellular response to amino acid starvation / positive regulation of cytokine production / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / PKR-mediated signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / response to virus / ISG15 antiviral mechanism / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / Interferon alpha/beta signaling / kinase activity / double-stranded RNA binding / protein autophosphorylation / defense response to virus / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / positive regulation of MAPK cascade / negative regulation of translation / ribosome / protein phosphorylation / translation / negative regulation of cell population proliferation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EIF2AK2, first double-stranded RNA binding domain / EIF2AK2, second double-stranded RNA binding domain / : / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain / Serine/threonine-protein kinase, active site ...EIF2AK2, first double-stranded RNA binding domain / EIF2AK2, second double-stranded RNA binding domain / : / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / MODIFIED DG, SA PROTOCOL IN XPLOR
Model type detailsminimized average
データ登録者Nanduri, S. / Carpick, B.W. / Yang, Y. / Williams, B.R.G. / Qin, J.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1998
タイトル: Structure of the double-stranded RNA-binding domain of the protein kinase PKR reveals the molecular basis of its dsRNA-mediated activation.
著者: Nanduri, S. / Carpick, B.W. / Yang, Y. / Williams, B.R. / Qin, J.
履歴
登録1999年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PROTEIN KINASE PKR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7051
ポリマ－19,7051
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 90
代表モデルモデル #21minimized average structure

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN KINASE PKR


分子量: 19705.418 Da / 分子数: 1 / 断片: DSRNA-BINDING N-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET-15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P19525, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HN(CA)CB
1213D CBCA(CO)NH
1313D H(CCO)NH
1413D H(CCO)NH
1513D (H)CCH-TOCSY
1614D 15N
17113C EDITED NOESY
1814D 13C
1912D 15N HOHAHA
11013D 15N
11113D HNHA
11213D HNHB
11312D-ARO-(HB)CB(CGCD)HD
11412D-ARO (HB)CB(CGCDCE)HE

-
試料調製

試料状態pH: 6.5 / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITY INOVAVarianUNITY INOVA5001
Varian UNITY INOVAVarianUNITY INOVA6002

-
解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLORBRUNGER, A. T.精密化
NMRPipe構造決定
PIPP構造決定
精密化手法: MODIFIED DG, SA PROTOCOL IN XPLOR / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 90 / 登録したコンフォーマーの数: 21

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る