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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qqp | ||||||||||||
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タイトル | FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS/ OLIGOSACCHARIDE RECEPTOR COMPLEX. | ||||||||||||
![]() | (PROTEIN (GENOME ...) x 4 | ||||||||||||
![]() | VIRUS / HEPARAN SULPHATE / VIRUS-RECEPTOR INTERACTIONS/PROTEIN-CARBOHYDRATE INTERACTIONS / VIRUS/VIRAL PROTEIN / Icosahedral virus | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() L-peptidase / suppression by virus of host type I interferon production / modulation by virus of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity ...L-peptidase / suppression by virus of host type I interferon production / modulation by virus of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / regulation of translation / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / molecular adaptor activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Fry, E.E. / Lea, S.M. / Jackson, T. / Newman, J.W.I. / Ellard, F.M. / Blakemore, W.E. / Abu-Ghazaleh, R. / Samuel, A. / King, A.M.Q. / Stuart, D.I. | ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure and function of a foot-and-mouth disease virus-oligosaccharide receptor complex. 著者: Fry, E.E. / Lea, S.M. / Jackson, T. / Newman, J.W. / Ellard, F.M. / Blakemore, W.E. / Abu-Ghazaleh, R. / Samuel, A. / King, A.M. / Stuart, D.I. #1: ![]() タイトル: Structure of a Major Immunogenic Site on Foot-and-Mouth Disease Virus 著者: Logan, D. / Abu-Ghazaleh, R. / Blakemore, W. / Curry, S. / Jackson, T. / King, A. / Lea, S. / Lewis, R. / Stuart, D. / Fry, E. #2: ![]() タイトル: The Three-Dimensional Structure of Foot-and-Mouth Disease Virus at 2.9 Angstroms Resolution 著者: Acharya, R. / Fry, E. / Stuart, D. / Fox, G. / Rowlands, D. / Brown, F. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 165.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 128.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1bttS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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5 | ![]()
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6 | ![]()
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単位格子 |
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対称性 | 点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) | ||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
-PROTEIN (GENOME ... , 4種, 4分子 1234
#1: タンパク質 | 分子量: 23828.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GROWN IN BHK CELLS 由来: (天然) ![]() ![]() 属: Aphthovirus / 参照: UniProt: P03305 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 24373.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GROWN IN BHK CELLS 由来: (天然) ![]() ![]() 属: Aphthovirus / 参照: UniProt: P03305 |
#3: タンパク質 | 分子量: 23860.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GROWN IN BHK CELLS 由来: (天然) ![]() ![]() 属: Aphthovirus / 参照: UniProt: P03305 |
#4: タンパク質 | 分子量: 8778.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GROWN IN BHK CELLS 由来: (天然) ![]() ![]() 属: Aphthovirus / 参照: UniProt: P03305 |
-糖 / 非ポリマー , 2種, 632分子 ![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 多糖 | 2-O-sulfo-alpha-L-gulopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose- ...2-O-sulfo-alpha-L-gulopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-gulopyranuronic acid |
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#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50 | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.6 / 手法: microdialysis | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 290 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→12 Å / Num. obs: 2070213 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.143 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 77.4 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: PDB ENTRY 1BTT 解像度: 1.9→12 Å / Data cutoff high absF: 0 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 0 詳細: THE DENSITY WAS TOO WEAK TO MODEL THE SIDE CHAINS ACCURATELY FOR CHAIN 1 RESIDUES ARG 157 AND THR 158.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→12 Å
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拘束条件 |
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