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万見
- PDB-1qq9: STREPTOMYCES GRISEUS AMINOPEPTIDASE COMPLEXED WITH METHIONINE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qq9
タイトルSTREPTOMYCES GRISEUS AMINOPEPTIDASE COMPLEXED WITH METHIONINE
要素AMINOPEPTIDASE
キーワードHYDROLASE / DOUBLE-ZINC METALLOPROTEINAZE / CALCIUM ACTIVATION / PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


aminopeptidase S / metalloexopeptidase activity / aminopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M28, SGAP-like / Peptidase M28 family / P domain / Proprotein convertase P-domain / P/Homo B domain profile. / Peptidase M28 / Peptidase family M28 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Galactose-binding-like domain superfamily ...Peptidase M28, SGAP-like / Peptidase M28 family / P domain / Proprotein convertase P-domain / P/Homo B domain profile. / Peptidase M28 / Peptidase family M28 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Galactose-binding-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
METHIONINE / Aminopeptidase S
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Gilboa, R. / Greenblatt, H.M. / Perach, M. / Spungin-Bialik, A. / Lessel, U. / Schomburg, D. / Blumberg, S. / Shoham, G.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Interactions of Streptomyces griseus aminopeptidase with a methionine product analogue: a structural study at 1.53 A resolution.
著者: Gilboa, R. / Greenblatt, H.M. / Perach, M. / Spungin-Bialik, A. / Lessel, U. / Wohlfahrt, G. / Schomburg, D. / Blumberg, S. / Shoham, G.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1998
タイトル: Inhibition of Streptomyces griseus aminopeptidase and effects of calcium ions on catalysis and binding comparisons with the homologous enzyme Aeromonas proteolytica aminopeptidase.
著者: Papir, G. / Spungin-Bialik, A. / Ben-Meir, D. / Fudim, E. / Gilboa, R. / Greenblatt, H.M. / Shoham, G. / Lessel, U. / Schomburg, D. / Ashkenazi, R. / Blumberg, S.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Streptomyces griseus aminopeptidase: X-ray crystallographic structure at 1.75 A resolution.
著者: Greenblatt, H.M. / Almog, O. / Maras, B. / Spungin-Bialik, A. / Barra, D. / Blumberg, S. / Shoham, G.
#3: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1996
タイトル: Aminopeptidase from Streptomyces griseus: primary structure and comparison with other zinc-containing aminopeptidases.
著者: Maras, B. / Greenblatt, H.M. / Shoham, G. / Spungin-Bialik, A. / Blumberg, S. / Barra, D.
履歴
登録1999年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMINOPEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0715
ポリマ－29,7511
非ポリマー3204
水5,242291
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.830, 61.830, 146.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 AMINOPEPTIDASE / SGAP


分子量: 29750.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: THE ENZYME IS ISOLATED FROM THE COMMERCIALLY AVAILABLE ENZYME MIXTURE "PRONASE E"
由来: (天然) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
参照: UniProt: P80561, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.74 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 4000, AMMONIUM SULFATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Greenblatt, H.M., (1997) J.Mol.Biol., 265, 620.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein1drop
20.1 Msodium acetate1reservoir
316 %(w/v)PEG40001reservoir
410 mMTris1drop
520 mM1dropNaCl
61 mM1dropCaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.083
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.083 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→35 Å / Num. all: 42869 / Num. obs: 42630 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 15.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 1.53→1.56 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.203 / % possible all: 69.8
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 69.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化解像度: 1.53→32 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1937578.64 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.173 4313 10.1 %RANDOM
Rwork0.148 ---
obs0.148 42630 97 %-
all-42630 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.8 Å2 / ksol: 0.322 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.83 Å20 Å20 Å2
2--0.83 Å20 Å2
3----1.66 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.15 Å0.13 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.11 Å0.08 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2046 0 12 291 2349
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.28
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.681.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.512
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.962
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.472.5
LS精密化 シェル解像度: 1.53→1.63 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 686 10.6 %
Rwork0.181 5773 -
obs--89.8 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.1 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 18.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.28
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.217 / % reflection Rfree: 10.6 % / Rfactor Rwork: 0.181

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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